Начало путешествия было неудачным. Пересекая Бискайский залив, Дарвин едва держался на ногах; пока он лежал в своем гамаке, мучаясь от тошноты, ему приходилось выслушивать, как на корабле пороли матросов. Фицрой строго следил за дисциплиной, особенно в начале путешествия. Втайне капитан считал, что его «компаньон» покинет корабль, как только тот причалит к берегу, и со всех ног помчится обратно в Англию. Самым подходящим вариантом была Мадейра, поскольку изначально корабль должен был сделать там остановку, чтобы пополнить запасы свежей еды. Однако остановку на Мадейре пришлось отменить из-за сильного волнения на море; к тому же пополнение запасов можно было отложить (третье очко в пользу волшебников?). И тогда корабль направился к одному из Канарских островов, Тенерифе. Если бы Чарльз сошел с корабля на Тенерифе, то смог бы своими глазами увидеть и вулканы, и Великое Драконово Дерево. Но консул Санта-Круса испугался, что путешественники из Англии занесут на острова холеру, и поэтому Биглю  было запрещено заходить в порт без прохождения через карантин (Четвертое очко? Посмотрим). Не желая провести две недели в море, ожидая снятия карантина, Фицрой направил корабль на юг, к островам Зеленого Мыса.

Возможно, волшебники тут ни при чем, однако нечто  заставило Дарвина остаться на борту Бигля.  Вот уже в пятый раз мы наблюдаем случайное стечение обстоятельств — на этот раз большая любовь к геологии практически не оставила ему выбора. По мере того, как Бигль  продвигался на запад, океан становился все более спокойным, а воздух — теплым. Теперь с помощью самодельных марлевых сетей Дарвин мог вылавливать планктон и медуз. Дела налаживались. Когда корабль достиг островов Зеленого Мыса и пристал к острову Сантьягу, Дарвин, наконец-то ступив на сушу, не мог поверить в свою удачу. Остров представлял собой естественное обнажение выветрившейся вулканической породы. Здесь Чарльз мог заниматься геологией. И естественной историей.

Он собирал все, что только можно. Он заметил, что осьминоги способны менять цвет, ошибочно посчитав это новым открытием. Два дня спустя, используя принципы, которым он научился у Лайеля, Дарвин составил описание геологической истории острова. Он возник после того, как лава, покрывшая морское дно вместе с ракушками и прочим мусором, поднялась над поверхностью моря. Скорее всего, это произошло в недалеком прошлом, поскольку найденные им образцы ничем не отличались от совсем новых ракушек, разбросанных по побережью. Это объяснение отличалось от общепринятой теории того времени, согласно которой вулканические структуры образовались в глубокой древности.

Молодой Дарвин начал движение к своей цели.

В итоге путешествие растянулось на пять лет, и все это время бедного Дарвина не отпускала морская болезнь. Она донимала его даже в самом конце путешествия, на пути к дому. Однако он ухитрился провести большую часть времени на земле, так что в море он находился всего 18 месяцев. А на суше он совершал открытие за открытием. В Бразилии он обнаружил пятнадцать новых видов плоских червей. Он изучал аргентинских нанду, гигантских нелетающих птиц, родственных страусам. Там же он обнаружил ряд ископаемых останков, включая голову гигантского глиптодонта, похожего на броненосца. На Огненной Земле он занялся антропологией и стал изучать людей. «Я никогда не забуду варварство и дикость одной из групп», — писал он после встречи с «голыми дикарями». Он нашел новые окаменелости, среди которых были кости гигантского ленивца из рода мегатериев (Megaterium)  и ламоподобных макраухений (Macrauchenia).  Изучая геологию Анд в Чили, он пришел к выводу, что эти горы, так же, как и окружающие их равнины, поднялись над поверхностью, благодаря гигантскому смещению геологических пластов.