Тем временем испытания пенициллина на людях продолжались быстрыми темпами. Флори и его коллеги ввели пенициллин внутривенно всем сотрудникам отделения патологии имени сэра Уильяма Дана — без каких-либо нежелательных последствий. Еще до того, как группа накопила достаточно пенициллина, чтобы приступить к широкомасштабным испытаниям на людях, Флори разрешили принять участие в лечении безнадежно больного полицейского. У него был сепсис. После первых инъекций препарата больной быстро пошел на поправку, однако ему требовались очень большие дозы пенициллина, и запасы Флори стали истощаться. Врачи попытались экстрагировать хотя бы немного пенициллина из мочи больного, но даже этот отчаянный шаг не помог. Состояние полицейского снова ухудшилось, и он умер. Флори поклялся, что никогда больше не начнет лечение больного, не имея под рукой достаточный запас лекарства.

Итак, нужно было продолжать испытания на людях, а пенициллина катастрофически не хватало, и тогда Флори снова нашел выход. Запас пенициллина слишком мал? «Ну что же, — подумал Флори, — значит, мы будем лечить маленьких больных». Первые испытания проводились на совсем юных пациентах. Отобрали четырех подходящих кандидатов, а вот пятым стал взрослый больной, но мелкого телосложения. Результаты оказались замечательными. Выздоровели все дети, за исключением одного, у которого инфицированный сгусток крови закупорил вену у основания черепа, рядом с сонной артерией. Инфекция перешла на стенки артерии, в результате чего она раздулась, и на ней образовалась аневризма. Хотя с инфекцией удалось справиться, аневризма разорвалась, и больной погиб от массивного кровоизлияния в мозг. (Вскрытие подтвердило, что пенициллин полностью устранил инфекцию.) Великолепные клинические результаты обрадовали всех сотрудников Флори, а он, всегда отличавшийся большой осторожностью в подборе эпитетов, отметил, что в данном случае результаты оказались «почти сверхъестественными». Статья с описанием клинических испытаний вышла в августе 1941 года.

Вскоре после этого Чейн решил запатентовать пенициллин. Флори не дал согласия, считая, что это неэтично. Они долго спорили, но Флори не уступал. Чейн опасался, что если оксфордская группа не получит патент, это сделает кто-то другой. Время показало, что он был прав.

Понимая, что так называемый производственный отдел в Оксфорде никогда не сможет удовлетворить потребности воюющей Великобритании в пенициллине, Флори провел переговоры с руководителями всех английских фармацевтических компаний, убеждая их в необходимости начать промышленное производство препарата. Компания «Imperial Chemical Industries» приступила к необходимым экспериментальным исследованиям, но переговоры с другими фирмами успеха не принесли.

Получив дополнительный запас пенициллина от «Imperial Chemical Industries», Флори начиная с января 1942 года ввел лекарство 15 больным внутривенно, а еще у 172 применил его местно. Измерение уровня пенициллина в крови и изучение клинических эффектов его применения позволили установить приблизительную дозировку, требуемую для лечения различных заболеваний. Сегодня ни одно правительственное учреждение не позволило бы рекомендовать к широкому применению препарат, предназначенный для внутривенного введения, если он прошел проверку только на двадцати одном больном, двое из которых умерли; не допустили бы сегодня и продажу препарата, который, как пенициллин, приводит к гибели морских свинок. Однако результаты скрупулезных исследований Флори, проведенных в чрезвычайно сложных условиях военного времени, тогда выглядели достаточно убедительными. И, к счастью, Флори не включил морских свинок в число подопытных животных.

Примерно в то же время сэр Алмрот Райт написал в редакцию газеты «Лондон таймс» знаменитое письмо, в котором заявил, что пенициллин открыл Флеминг. Редактор Роберт Робертсон в ответном письме назвал первооткрывателем Флори.