В конце концов и английская и американская фармацевтические компании получили разные патенты — американцы на глубинную ферментацию, англичане — на полусинтетический пенициллин. Чтобы позволить британским союзникам, испытывавшим финансовые затруднения, избежать банкротства, американские компании запросили минимальный процент от прибыли, а впоследствии несколько раз снижали даже и эту сумму. Однако все равно размеры отчислений от прибылей британских фармацевтических компаний в пользу американских партнеров достигали миллионов долларов, и все убытки удалось возместить только после начала производства полусинтетических пенициллинов.

А между тем миколог из лаборатории в Пеории, Кеннет Рейпер, рыскал по всему миру в поисках наиболее производительных образцов плесени Penicillium. И выяснилось, что самый лучшая плесень растет буквально на заднем дворе его дома! Рейпер отправил свою ассистентку на местный рынок, поручив ей купить самые разные фрукты и овощи, и ему удалось выделить из купленной ею дыни Penicillium chrysogenum. Эта плесень вырабатывала больше пенициллина, чем любая другая плесень в мире, а в процессе глубинной ферментации разрасталась в виде красивых пятен. Прозвище «Заплесневелая Мэри» приклеилось к верной ассистентке навсегда.

После возвращения Флори в Англию произошло несколько событий, омрачивших его теплые отношения с американскими коллегами. Вступив в войну в декабре 1941 года, американцы категорически отказались разглашать какую бы то ни было информацию относительно исследований по пенициллину, мотивируя свои действия требованиями секретности в условиях военного времени, — и это после того, как Хитли во всех деталях описал им работу, ведущуюся в Оксфорде! В будущем выяснилось, что производственная технология с использованием глубинной ферментации, разработанная американцами, позволила бы англичанам гораздо быстрее наладить массовое производство пенициллина. На первом собрании Британского комитета по производству пенициллина Флори в самых недвусмысленных терминах выразил свое возмущение поведением американцев. Под впечатлением заявления Флори члены комитета начали с американскими партнерами переговоры, вскоре позволившие разрешить возникшие противоречия.

Позже новую вспышку негодования Флори вызвало известие о получении американцами патента на пенициллин; следует отметить, что существование этого патента до конца жизни отравляло отношения Флори и Чейна. После войны недовольный Чейн уехал из страны, какое-то время работал в Италии, но потом вернулся в Англию, где занял должность профессора и руководителя отделения биохимии в лондонском Имперском колледже науки и технологии.

Появлялись и другие поводы для огорчения. Американка Глэдис Хобби заявила, что первым антибиотиком, использовавшимся для лечения инфекционных заболеваний у людей, был не пенициллин, а «грамицидин», открытый Рене Дюбо. Этот антибиотик местного действия в настоящее время применяется в смеси с двумя другими антибиотиками в форме глазных капель для лечения глазных инфекций. Однако за много лет до начала использования грамицидина Флеминг и Пейн лечили глазные инфекции так называемым плесневым соком; и, что гораздо важнее, пенициллин, в отличие от грамицидина, пригоден для внутреннего введения с целью лечения системных инфекций.