Как и следовало ожидать, наиболее ярыми противниками вакцинации выступили Мозли и Пирсон. Пирсон настаивал на том, что он и Вудвилл вакцинировали больше людей, чем Дженнер, и что соответственно поддержку следует в первую очередь оказать им. Пирсон сознательно лгал: он заявил во всеуслышание, что именно они с Вудвиллом, а вовсе не Дженнер, установили безопасность вакцинации для грудных детей.

В конце концов палата согласилась выделить Дженнеру деньги; единственным спорным моментом оставалась сумма. Поступило несколько предложений: двадцать тысяч, пятнадцать тысяч (в обоих случаях это решило бы все финансовые проблемы Дженнера) или десять тысяч фунтов. После долгих дебатов 2 июня 1802 года палата единогласно утвердила размер выплаты — десять тысяч фунтов.

Коллеги и друзья Дженнера нашли способы выразить свое отношение к его достижениям. В 1802 году Физическое общество клиники Гай избрало его своим почетным членом. Общество военно-морских врачей наградило его за спасение множества человеческих жизней во время войны с Наполеоном, было создано Королевское Дженнеровское общество. Как следует из названия, Общество находилось под патронатом короля и королевы, королевские дети стали его вице-патронами, а всего в руководство Общества вошли пятьдесят самых влиятельных людей Великобритании. Общество издавало научные работы и оплачивало вакцинацию бедняков. На своем первом научном заседании, состоявшемся в 1803 году, Королевское Дженнеровское общество официально одобрило термин «вакцинация». А 11 августа 1803 года город Лондон провозгласил Дженнера своим почетным гражданином — свидетельство передали ему в золотой шкатулке стоимостью 105 фунтов стерлингов. Через месяц Королевское гуманитарное общество избрало Дженнера своим почетным членом.

К этому времени «старику» Дженнеру исполнилось пятьдесят пять лет. Его работа принесла ему всемирную славу, его таланты и статус как политика и общественного деятеля вызывали всеобщее восхищение, но при этом он оставался бедным, как церковная мышь (даже после получения денег от парламента его долги достигали двух тысяч фунтов стерлингов). В августе 1803 года он продал лондонский дом и вернулся в Челтенхем и Беркли, где восстановил свою практику и прожил последующие два года.

Несмотря на то, семья не вылезала из долгов, набожная госпожа Дженнер уделяла очень большое внимание местной бедноте и занималась благотворительностью, а ее супруг построил рядом со своим домом больницу, которую назвал «Храм вакцины», и делал там бесплатные прививки.

Нет никаких сомнений, что без постоянных личных усилий Дженнера и проявленных им в последующие годы блестящих качеств политика вакцинация не утвердилась бы в медицинской практике. Живя в Челтенхеме, он по-прежнему боролся за свое детище, с горечью отмечая упрочение позиций тех врачей, хирургов и фармацевтов, которые отвергали вакцинацию. Все меньше людей подвергались вакцинации, и все больше — вариоляции. В результате в 1805 году в Лондоне от оспы умерли более восьми тысяч человек. Дженнер неустанно писал письма в защиту вакцинации.

Новые неурядицы потребовали его возвращения в Лондон. Долги оставались не выплаченными, а в Англии того времени все должники попадали в тюрьму. Парламент отсрочил положенное вознаграждение, а когда оно было наконец выдано, то оказалось, что его обложили огромными налогами и вычетами. Чтобы свести концы с концами, Дженнеру пришлось прекратить вакцинацию бедняков, и он попросил одного из своих друзей взять на себя эту задачу. Затем возникла проблема, связанная с доктором Уокером из Королевского Дженнеровского общества. Дженнер посчитал, что должен разрешить ее, но это решение было неразумным — он оказался втянутым в серьезные неприятности.

Именно Дженнер в свое время предложил назначить Уокера ординатором, отвечающим за прививки в Королевском Дженнеровском обществе. Уокер работал в так называемом Сентрал-хаусе, где беднякам делали вакцинации бесплатно.