После закрытия Королевского Дженнеровского общества Дженнер стал ходатайствовать о проведении бесплатной вакцинации уже не перед частными лицами или организациями, а перед правительством. Благодаря его усилиям в 1809 году парламент создал Национальное ведомство вакцинации и назначил совет его директоров; главой ведомства стал Дженнер. Многие из членов совета, особенно те, чьи взгляды расходились с его собственными, вызывали у него активное раздражение. Начались внутренние политические распри, в результате которых Дженнер ушел со своего поста еще до первого официального собрания совета директоров. Организация просуществовала до 1867 года, после чего ее функции взял на себя Тайный совет.

Нападки на Дженнера не прекращались. Постоянно поступали сообщения о неудачных вакцинациях. Противники выпускали одну колкую статью за другой, а публике предоставлялась возможность читать язвительные сатирические стихи и даже «Дженнеровскую оперу», напечатанную в журнале «Medical Observer». А Дженнер тратил дни на изучение причин неудачных вакцинаций и на ответы все более многочисленным, все более острым критикам.

Впрочем, даже такого рода политическая борьба не помешала Дженнеру написать шестнадцатистраничную брошюру «Facts, for the Most Part Unobserved or Not Duly Noticed, Regarding Variolous Contagion» («Факты, относящиеся к заражению оспой, оставшиеся по большей части не замеченными или не описанные надлежащим образом»). В ней он описывал небольшую серию повторных заражений оспой — в описанных им случаях ни перенесенная ранее оспа, ни вариоляция не уберегла больных от второго заболевания. Писал он и о том, что оспа может поражать плод, не поражая при этом мать (современные врачи подтвердили это его наблюдение).

В 1809 году, в возрасте шестидесяти лет, Дженнер решил «уйти на покой» — хотя практику он не оставлял до 1822 года и исполнял обязанности мирового судьи в Беркли. Кроме того, он посвящал много времени новым увлечениям: садоводству, фермерству, изучению окаменелостей и геологии. До конца своих дней он оставался истинным ученым, хотя его интеллектуальные способности постепенно слабели. Так, он написал статью «Наблюдения по поводу собачьей чумы», где сообщал, что привил натуральную оспу двадцати собакам и у всех этих собак развилась чума в слабой форме, что, конечно, не могло соответствовать действительности. 31 января 1810 года от туберкулеза умер его старший сын Эдвард. Для Дженнера это был страшный удар. У него началась глубокая депрессия. Он писал другу, что никак не ожидал, что «рана окажется такой глубокой».

А потом появились признаки психического расстройства. У Дженнера возобновились слуховые галлюцинации и приступы внезапного тремора, мучившие его в восьмилетнем возрасте. Он осознавал, что подавленное состояние не позволяет ему выполнять профессиональные обязанности, а светская жизнь — театральные постановки, концерты и балы — его уже давно не привлекали. В довершение всех бед Кэтрин, страдавшая не только туберкулезом, но и артритом, оказалась прикована к постели.

13 ноября 1810 года Мэри, старшая сестра Дженнера, упала с лестницы и умерла. Теперь у Дженнера были не только депрессия и слуховые галлюцинации; он жаловался на возбуждение и «утрату мужества», которое пытался вернуть с помощью бренди и опиума.

В это же время умер друг Дженнера граф Беркли. Палата лордов, начавшая слушания по передаче титула и наследства, пригласила Дженнера выступить с показаниями в качестве мирового судьи. В письме Калебу Парри Дженнер рассказывал, что каждую ночь просыпается, весь дрожа, от кошмара, в котором выступает перед лордом-канцлером, и добавлял, что его нервы не выдержат такого испытания.

В начале августа 1812 года у второй сестры Дженнера, Энн, произошло несколько инсультов, и 25 сентября она скончалась. Теперь Дженнер окончательно пал духом.