С 1892 по 1899 год Гаррисон жил в Бонне, где изучал медицину, — с перерывом на 1894 год, когда он вернулся в Университет Хопкинса, написал диссертацию и получил степень доктора философии. В 1893 году в Бонне он познакомился со своей будущей женой Идой Ланге. Ида тогда только что закончила школу для девушек в Швейцарии. Она свободно говорила на английском, немецком, итальянском и французском языках. Гаррисон, помимо родного английского, владел немецким, так что они могли спокойно общаться по крайней мере на двух языках.

Гаррисон сообщил отцу о намерении жениться, и Гаррисон-старший, внимательно изучив фамильное древо Иды, дал согласие. Зато отец Иды, военный моряк, сказал, что не возражает против обручения, но вот с браком следует подождать три года. Гаррисон и Ида терпеливо выждали этот срок; они поженились 9 января 1896 года в немецком городке Алтона. Через три года Гаррисон получил в Бонне диплом врача.

Видно, необыкновенная одаренность молодого ученого была столь очевидна, что администрация Университета Джона Хопкинса предложила ему место на медицинском факультете еще до получения медицинского диплома. Дальнейшая его карьера оказалась стремительной: в 1895 году Гаррисон занял должность преподавателя, а в 1899 году уже стал доцентом. Не прерывая обучения на медицинском факультете в Бонне, он вел занятия в Университете Хопкинса — жизнь его легкой не назовешь, ведь тогда самолеты еще не летали, Гаррисон непрерывно плавал через океан — туда и обратно, то на занятия в Бонн, то чтобы прочитать лекции в университете.

Гаррисону повезло — в период его работы в Университете Хопкинса тамошнюю кафедру анатомии возглавлял выдающийся эмбриолог Франклин П. Молл. Хотя между ними, скорее всего, сложились самые добрые отношения, Молл по непонятной причине не предложил Гаррисону стать соавтором всемирно известного двухтомного пособия по эмбриологии человека, редакторами которого были он сам и немец Франц Кейбель. Может быть, это произошло потому, что Гаррисон специализировался на экспериментальной эмбриологии и проводил большинство опытов не на людях, а на животных.

Гаррисон не полагался исключительно на свои блестящие способности. Он усердно и напряженно работал, часто уходил из дома на рассвете, а возвращался уже глубокой ночью. За первые десять лет работы в Университете Хопкинса он опубликовал двадцать выдающихся статей по эмбриологии, а кроме того, основал «Журнал экспериментальной зоологии» («Journal of Experimental Zoology»); под его редакцией вышли 105 томов этого издания.

С первых дней и до самого конца его карьеры Гаррисона можно было сравнить не с милым и ласковым пони, а с надежной, сильной рабочей лошадью. Его отличительными свойствами были некоторая холодность в общении с людьми и абсолютное отсутствие честолюбия. Коллеги в Университете Хопкинса, а позже в Йеле уважали его и даже восхищались блеском его интеллекта, однако вряд ли кто-нибудь из них (включая и его собственных детей) мог сказать, что это был теплый, вдохновенный и общительный человек. Великий ученый жил словно в ледяном панцире.

Нам довелось беседовать с девяностопятилетней Элизабет Гаррисон, его дочерью, ставшей врачом. Она тепло и восторженно отзывалась, но не об отце, а о матери. Ида не только помогала Гаррисону в его лабораторных исследованиях, но и взяла на себя полную ответственность за воспитание их пятерых детей. Гаррисон не принадлежал к числу отцов, которые помогают сыновьям мастерить машинки из детского конструктора или строят кукольные домики для дочек. Он, как позже с горечью вспоминал его сын, уделял слишком много времени своей карьере, и на детей его просто не хватало. Наука стала для Гаррисона любовницей, поглотившей его всего.