В первые годы работы в Йельском университете Гаррисон занимался по большей части наблюдением за строительством корпуса Осборн, подбором научного персонала и преподаванием.

С первой из этих задач Гаррисон справился просто блестяще. Корпус Осборн, чье строительство завершилось в 1913 году, был оборудован по последнему слову техники. Успешно прошла и работа по набору исследовательско-преподавательского персонала: уровень ученых, которых Гаррисон привлек к работе на своем факультете, намного превышал средний. Однако ни один из приглашенных им ученых и ни один из его студентов не удостоился Нобелевской премии и не смог сделать открытия, хотя бы примерно сопоставимого по значимости с открытой им самим в 1907 году методикой выращивания культур тканей. Что касается третьего направления деятельности Гаррисона, то есть преподавания, то с ним он справился гораздо хуже. Столкнувшись с необходимостью читать лекции богатым, часто избалованным юнцам, поступившим в Йельский университет, Гаррисон, по словам Дж. С. Николаса, работавшего под его руководством много лет и ставшего его официальным биографом, впал в состояние, близкое к панике. Из-за замкнутости, может быть, застенчивости и, безусловно, из-за явной неспособности выступать ярко, увлекательно, слушать его лекции было невыносимо скучно. В качестве лектора он оказался таким же несостоятельным, как Рентген.

Захватывающе интересная работа в сфере экспериментальной эмбриологии не оставляла Гаррисону времени для занятий такой примитивной и недостаточно развитой областью науки, как выращивание культур тканей. Хотя он по-прежнему пользовался культурами тканей в ходе эмбриологических исследований и обучал своим методам специалистов, посещавших его лабораторию, на протяжении всей его карьеры в Йельском университете Гаррисон занимался проблемами трансплантации зародышевых конечностей, органов и тканей. Он опубликовал результаты ряда исследований, в ходе которых пользовался культурами тканей, но в центре этих работ оставалась эмбриология. Честно говоря, Гаррисон больше радовался тому, что смог пересадить левую зародышевую почку конечности на правую сторону зародыша и проследить за ее развитием в типично правую конечность, чем тому, что обнаружил возможность существования живых тканей вне организма. С точки зрения Гаррисона, эмбриологические наблюдения имели колоссальное значение, а методику культивирования тканей он считал всего лишь инструментом исследования.

В апреле 1917 года США объявили войну Германии. Для германофила Росса Гаррисона начался очень трудный период. Он закончил медицинский факультет в Германии, был женат на немке, и многие из его ранних работ увидели свет в немецких журналах. Его огорчала захлестнувшая Америку антигерманская истерия, которая выражалась в том, что американцы отказывались от изучения немецкого языка, меняли названия улиц, парков и городов, если усматривали в них немецкое происхождение, и считали всех немцев потенциальными врагами. Гаррисон боялся, что в ответ немцы станут так же нетерпимо относиться к американцам, и беспокоился за свою дочь Элизабет, которая в то время училась в Медицинской школе в Бонне. (На самом деле никаких проблем у нее не возникло, все к ней там относились очень хорошо.) Более того, сам он был убежденным пацифистом. В его лаборатории работали два немецких ученых; когда их обоих арестовали и посадили в тюрьму, он сделал все возможное, чтобы помочь им. В результате многие коллеги стали относиться к нему с подозрением.

И это еще не все. В 1917 году Нобелевский комитет рекомендовал присудить премию Гаррисону — не за открытие метода культивирования тканей, а за его работы по нервным волокнам, однако якобы из-за войны Нобелевский институт решил не присуждать премию по физиологии и медицине. Как ни странно, при этом были выданы премии по литературе, физике и — более того — Нобелевская премия мира (Международному Красному Кресту).