Логично было ожидать, что примерно тем же путем шли в своем историческом развитии и индейцы Перу. Предполагалось, что зародившиеся в глубокой древности земледелие и скотоводство в горных районах Анд к концу III тыс. до н. э. стали основой хозяйства. Затем на рубеже II и I тыс. до н. э. появились первые памятники монументальной архитектуры (культура чавин) и, наконец, в начале нашей эры высокоразвитые цивилизации тиауанако, мочика и др., которым почти несомненно соответствовали государственные образования.

Открытие древнейших земледельческих культур Южной Америки в конце 60-х — начале 70-х годов в основном подтвердило эту гипотезу, хотя и внесло в нее некоторые уточнения.

В 1969–1970 гг. специалисты из разных стран под руководством Ричарда Мак Ниша, ранее прославившего свое имя исследованием раннеземледельческих культур Мексики, предприняли поиски таких же памятников в горах Перу. Для этого был выбран район Аякучо — здесь много пещер и сравнительно сухой климат, что вселяло надежду отыскать в земле остатки растений. В пещере Пикимачай удалось обнаружить археологические напластования, начиная по крайней мере с XII, а может быть, и с XX тыс. до н. э. и кончая недавним прошлым.

Первые указания на существование земледелия были получены для периода хайва (6600–5500 гг. до н. э.). В отложениях этого времени были найдены остатки перца, тыквы-горлянки, плодов горлянкового дерева (т. е. калебас, из которых делают сосуды) и кустарника уруку, содержащего красный пигмент, широко используемый индейцами. Любопытно, что в Андах нет диких предков этих растений и в культуру они были скорее всего введены индейцами восточных низменностей. Особенно загадочно происхождение горлянки. Ее дикие предки росли в Африке и многие тысячелетия назад проникли в Америку.

В следующий период, пики (5500–4300 гг. до н. э.), в Аякучо впервые появляются культурные растения, имевшие существенное пищевое значение — лебеда киноа, амарант и, может быть, съедобная тыква. Наконец, в период чиуа (4300–2800 гг. до н. э.) обитатели пещеры Пикимачай уже выращивали фасоль, кукурузу, а также хлопок. Вероятно, люди имели и домашних лам.

Если после работ Р. Мак Ниша у кого-нибудь еще и оставались сомнения относительно раннего появления в Перу культурных растений, они рассеялись после раскопок другой пещеры, Гитарреро, расположенной в долине Санты. Ее обитатели уже 8000 лет назад выращивали фасоль.

Многих удивила находка в ранних слоях пещеры Пикимачай кукурузы. До этого считалось, что это растение проникло в Южную Америку из Мексики лишь во II тыс. до н. э. Мак Ниш не только обнаружил маис в более глубоких слоях, чем ожидали ученые, но и выяснил, что принадлежат остатки к своеобразным, исконно перуанским сортам. Ряд археологов вскоре подтвердили точность его данных. Мало того, во II тыс. до н. э. кукуруза, как недавно выяснено, проникает уже и на перуанское побережье, и в горные районы Чили. Оказалось, что по крайней мере в середине III тыс. до н. э. с ней были хорошо знакомы жители побережья Эквадора. Определить это удалось благодаря применению новых методов исследования.

Уже с рубежа IV–III тыс. до н. э. уровень культуры на побережье Эквадора был сравнительно высок. Поэтому археологи предполагали, что люди занимались здесь не только рыбной ловлей и охотой, но и земледелием.