Майорские канцелярии занимались преимущественно делами по «третьему пункту» («кража государственного интереса», «похищения казны»), а также другими должностными преступлениями. Но царь часто передавал майорам и политические дела. Майорским канцеляриям предоставлялись значительные права проводить весь цикл расследования (допросы, очные ставки, пытки) и готовить проекты приговоров (181, 41). Царь был в курсе дел канцелярий и направлял весь ход расследования в них. К 1724 г. Петр, завершая государственную реформу, решил ликвидировать ставшие уже ненужными «маэорские канцелярии». Указ об этом был издан 22 января 1724 г. (181, 68). Чуть раньше Петр решил прикрыть и Канцелярию тайных розыскных дел.

Канцелярия тайных розыскных дел, более известная как Тайная канцелярия, возникла в начале расследования дела царевича Алексея, хотя указ об ее образовании не найден. 4 февраля 1718 г. Петр продиктовал П.А. Толстому «пункты» для первого допроса сына-преступника Позже именно к Толстому и стала сходиться вся информация по начатому розыску. Вокруг него, типичного петровского порученца, сложился штат приказных новой, но весьма похожей на майорские розыскной канцелярии, хотя до самого переезда в Петербург весной 1718 г. ведомство Толстого канцелярией не называлось (181, 78–87). Иначе говоря, розыск по делу царевича Алексея поначалу был личным поручением Толстому, точно так же, как раньше по заданию Петра А.Д. Меншиков вел Кикинское дело, которое было частью следствия по делу Алексея (752, 171 и др).

Выбор Петра Андреевича Толстого на роль руководителя розыска по делу царевича можно объяснить тем, что он до этого блестяще провел операцию по возвращению из-за границы блудного царского сына Возможно, Толстой, желая выслужиться, сам напросился на это поручение царя (186, 24). В Италии, где Толстой настиг царевича, он сумел уговорить Алексея вернуться домой, причем сделал это не без обмана Не случайно привлеченный по делу царевича Иван Нарышкин Толстого «называл Иудою, он-де царевича обманул и выманил» (8–1, 21). После успешной миссии в Италии царь поручил Толстому уже расследование дела о побеге царевича До этой истории Толстой не входил в круг ближайших сподвижников Петра В молодости он принадлежал к враждебной Петру группировке Милославских, но потом сумел заслужить доверие царя и добиться для себя ответственных поручений, что было нелегко: Петр был недоверчив, и никто из родственников и сторонников Милославских — заклятых врагов молодого царя при нем карьеры не сделал. Один только Толстой сумел преодолеть инерцию недоверия царя. Человек уже не молодой (родился в 1653 или 1654 г.), в начале 1697 г. Толстой отправился учиться на моряка, чем особенно угодил государю-шкиперу. В 1701 г. он стал посланником в Стамбуле и проявил там незаурядный талант дипломата. Вернувшись в 1714 г. в Россию, Толстой стал служить в Посольской канцелярии, и неизвестно, как сложилась бы его судьба, если бы не бегство царевича Алексея и последовавшие за этим события. По роду своих занятий и склонностям П.А. Толстой был более всего дипломатом, хитрый, изворотливый и умный, но, как многие другие сподвижники Петра I, он мог заниматься и самыми разными делами: управлять коммерцией, вести сыскные дела.

Личность Толстого не вызывала восторгов у его современников. О нем и его брате Иване, губернаторе Азовской губернии, А.А. Матвеев отозвался весьма сурово, отмечая их мрачную злобность, «великое пронырство» и склонность к интриганству. Петр I, по-видимому, не особенно доверялся Толстому, но умел ценить его дар ловкого дипломата, ум и рвение. Толстой же постоянно показывал свою преданность Петру, был готов выполнить любое его задание, не задумываясь над моральной стороной дела.