После того как в январе 1725 г. умер Петр Великий и на престоле оказалась императрица Екатерина I, Тайная канцелярия еще продолжала работать. Весьма крупным в 1725 г. стало дело монаха Самуила Выморокова. Его дело Екатерине I вкратце пересказал А.И. Ушаков 30 июля 1725 г., и после этого государыня одобрила проект приговора (664, 180–181). Тем же летом Екатерина слушала доклады по делу Феодосия Яновского, в декабре 1726 г. по своему ведомству знакомил ее с делами Иван Ромодановский. Он же составил проект приговора по делу Родышевского (252, 50). И все же 28 мая 1726 г. в истории Тайной канцелярии была поставлена точка. В тот день появился указ Екатерины I на имя Толстого, где сказано, что Тайная канцелярия «учинена была на время для случившихся тогда чрезвычайных тайных розыскных дел и, хотя тому подобные дела и ныне случаются, однако не так важные и больше бывают такие дела у… князя Ромодановского». Поэтому канцелярию было предписано ликвидировать (30, 150, 181, 233).

В феврале 1726 г. «при боку» Екатерины I возник Верховный тайный совет, составленный из «первейших» вельмож того времени. Сразу же он стал «стягивать» к себе власть, в том числе и в делах политического сыска. Верховники выполняли роль одновременно следователей и судей: на своих заседаниях они выслушивали записи допросов, экстракты по делам сыска выносили приговоры, принимали доклады И.Ф. Ромодановского и А.И. Ушакова (592-7, 4892; 633-55, 96–97; 633-56, 40, 74; 633-63, 464, 603; 181, 256). После смерти Екатерины I (7 мая 1727 г.) и с восшествием на престол 12-летнего Петра II некоторое время сыскными делами ведал фактический регент А.Д. Меншиков. Он распоряжался, как расследовать начатое в апреле 1727 г. дело П.А. Толстого и его сообщников, а также княгини А.П. Волконской, которую светлейший заподозрил в интригах против себя (800, 936). После падения Меншикова политическим сыском стал вновь ведать Верховный тайный совет (758, 117–118). Верховники даже присутствовали при пытках. Из Совета руководили следственным делом Меншикова, там же составлялись инструкции и указы офицерам гвардии, которые допрашивали светлейшего, заслушивали рапорты и экстракты о ходе следствия по его делу (493, 97; 419, 94-101; 181, 248). К верховникам приходили доклады от порученцев и местных властей, причем они стремились сосредоточить у себя важные политические дела и указывали Сенату, чтобы он самостоятельно такие не решал (181, 244–245). На примере сыскной деятельности Верховного тайного совета видно, что центр высшей власти можно определить потому, в чьем ведении состоит тайная полиция, политический сыск.

За исключением одного случая, когда в ноябре 1727 г. нужно было дать распоряжение о расследовании дела Меншикова, малолетний царь Петр II делами сыска не занимался (633-69, 271–272, 738). Судя по делу Волконской, основная тяжесть работы лежала на А.И. Остермане и князе А Г. Долгоруком, отце фаворита царя Ивана Долгорукого. Текущие, «маловажные» дела после ликвидации Преображенского приказа в 1729 г. сосредоточили в Сенате. Однако вскоре и сам Верховный тайный совет прекратил свое существование.

В царствование императрицы Анны Ивановны (1730–1740 гг.) для сыскных дел использовались все известные ранее организационные формы: и постоянные учреждения, и временные комиссии, и сыскные поручения отдельным чиновникам. С ликвидацией Верховного тайного совета сыск перешел к Сенату (199, 531; 587-8, 5528). Однако 24 марта 1731 г. появился именной указ об образовании новой Тайной канцелярии. Ее возникновение весьма напоминает создание «маэорских канцелярий» и первой Тайной канцелярии Толстого. В указе проявляется забота о загруженных делами сенаторах, и чтобы им не было «помешательства., в прочих государственных делах», все «важные дела» по политическому сыску передаются генералу А.