Старообрядцы были поставлены за грань человеческого и гражданского сообщества Прощение мог получить только тот раскольник, который отрекался от своей веры и приносил унизительное покаяние. Остальных подвергали разнообразным репрессиям, их принуждали нести двойные повинности и налоги, им запрещали заниматься торговлей и другими видами деятельности, быть в мирских должностях, свидетельствовать в суде, их нельзя было приводить к присяге, им не давали издавать, переписывать, хранить книги, запрещали читать и писать. Мужчинам предписывали носить на спине платья специальные красные четырехугольники — «козыри», а женщинам — позорные шапки с рогами (см. 325 и др.).

Особо зловещую роль в преследовании старообрядцев сыграли три церковных иерарха: архиепископ Нижегородский Питирим, Феофан Прокопович и Феодосий Яновский. Они особенно тесно сотрудничали с политическим сыском. Питирим был настоящим фанатиком борьбы с расколом. Он пытался одолеть старцев в религиозной дискуссии, которая сочеталась с шантажом и угрозами, умело вносил смуту в их среду, вылавливал наиболее авторитетных старцев, отправлял их в Петербург на допросы в Тайную канцелярию и Синод. Да и сам Священный Синод почти с первого дня работы в 1721 г. стал фактически филиалом Тайной канцелярии. Феодосий был близким приятелем П.А. Толстого и Ушакова. В Синоде была оборудована тюрьма с колодничьими палатами, где людей держали столь же сурово, как в Петропавловской крепости: в оковах, в голоде, темноте и холоде. Была тюрьма и в Александре-Невском монастыре. Сюда, в эту подлинную вотчину Феодосия, привозили церковников, заявивших «Слово и дело» или обвиненных в «непристойных словах». Здесь Феодосий и его подчиненные допрашивали их, а потом отсылали Толстому. Одновременно из Тайной канцелярии к Феодосию присылали пытанных в застенке и раскаявшихся раскольников. Феодосий должен был установить, насколько искренним было раскаяние этих, не выдержавших мучений людей, и затем сообщал об этом Толстому.

В деле священника Якова Семенова за 1720 г. сохранилось мнение Феодосия, которое он объявил 2 декабря 1720 г. в Тайной канцелярии: «Он, поп, в бытность в Москве, будучи в расколе, действовал по старопечатным книгам… и за такое его дерзновение, ежели не касается до него какое государственное дело, надлежит его, с наказанием сослать в Соловецкий монастырь в земляную тюрьму для покаяния и быть ему до кончины жизни неисходно». Тайная канцелярия так бы и поступила, если бы колодник вскоре не умер в тюрьме (325-1, 142, 234–236, 618; 9–3, 94). После ссылки и заточения самого Феодосия в 1725 г., к чему приложил руку Феофан Прокопович, последний занял место не только главы Синода, ной ближайшего сподвижника А.И. Ушакова в делах веры. До самой своей смерти в 1736 г. Феофан тесно сотрудничал с сыском. Он давал отзывы на изъятые у врагов церкви сочинения, участвовал в допросах, писал доносы. Он давал Ушакову советы по делам веры. В 1734 г. Феофан долго увещевал старца Пафнутия, читая ему священные книги и пытаясь вступить с ним в беседу, но Пафнутий «наложил на свои уста печать молчания, не отвечал ни слова и только по временам изображал на себе крест сложением большаго с двумя меньшими перстами».