Естественно, что и сами люди в рясе не могли избежать участия в политическом процессе. Они становились подследственными (изветчиками, ответчиками, свидетелями). Их пытали, казнили, как и любого из подданных государя. При этом светская власть грубо вторгалась в сферу компетенции церкви, мало считаясь с мнением православных иерархов. И в рассматриваемое время это было нормой. Когда в 1703 г. были арестованы дьякон Иесей Шоша и монах Симонова монастыря Петр Конархист за сочинение «непристойной тетради», то Ф.Ю. Ромодановский отослал преступников в Духовный приказ с указанием расстричь их и наказать. Стефан Яворский признал вину Конархиста не столь великой и отпустил его в Симонов монастырь, а более виноватого Шошу сослал на покаяние в Соловецкий монастырь. Узнав об этом мягком, на его взгляд, приговоре, Ромодановский распорядился пересмотреть решение местоблюстителя патриаршего престола и сослать Шощу не просто на покаяние, а в «монастырские жестокие труды» на Соловки, а Конархиста отправил в не менее суровое место — Кириллов монастырь (212, 154–155).

Монашество, ряса, клобук, епископский посох, преклонные года и общепризнанная святость не спасали даже высших церковников от дыбы и тюрьмы. В 1763 г. императрица Екатерина II, возмущенная просьбами о прощении Мациевича, вставшего на защиту церковной собственности, не без раздражения писала А.П. Бестужеву, который просил государыню снизойти к сединам и сану Арсения: «Не знаю, какую я б причину подала сумневаться о моем милосердии и человеколюбии. Прежде сего и без всякой церемонии и формы не по столь еще важным делам преосвещенным головы секали, и не знаю как бы я могла содержать и укреплять тишину и благоденствие народа (умолча о защищении и сохранении мне от Бога данной власти), естьли б возмутители не были б наказаны. Екатерина» (633-7, 269–270). В этом выражена позиция самодержавия в отношении церкви и ее деятелей, с которыми расправлялись так же, как с прочими государевыми рабами. В сыскные органы попадали священники и архимандриты, которые не поминали в церкви имя государей или ошибались при возглашениях, забывали помянуть Синод, не служили в установленные государством «календарные дни», не проводили присяги, не признавали отмены древнего сана «митрополит», выражали сомнения в справедливости отмены патриаршества, осуждали церковную политику Петра и т. д. (774, 5–6). Сыск не считался с высоким саном церковнослужителя, даже если на него был заведомо ложный, «бездельный» донос. В 1725 г. посадили в тюрьму архимандрита Иону Салникеева Синод вступился за него: «Знатные духовные персоны арестуются иногда по подозрениям и доносам людей, не заслуживающих доверия, от чего не только бывает им немалая тягость, но здравию и чести повреждение».