Здесь дело касалось личностей. Более опасная борьба идеологического характера охватила оба города.

В 428 г. Нестор, священник сирийского происхождения, стал епископом Константинополя в период правления императора Феодосия II. В это время ариане и другие еретики прошлого подлежали смертной казни.

Нестор начал новую дискуссию о природе Иисуса. Было уже общепринято, что Иисус имеет божественную сущность, теперь, когда арианство было полностью подавлено, но стоял вопрос о его человеческой сущности, и возник спор о том, как соотносятся между собой эти два аспекта.

Нестор полагал, что Христос был человеком, который преодолел человеческую слабость и стал Мессией. На этом основании он считал Деву Марию не Богородицей, а человекородицей. Ее можно называть матерью Христа, но не Бога. Согласно этой точке зрения, которую назвали несторианством, в Иисусе человеческое и божественное начала пребывают лишь в относительном соединении, никогда полностью не сливаясь.

Это был по меньшей мере частичный шаг в сторону арианства, и снова Александрия вела борьбу против этой точки зрения. Кирилл Александрийский был безжалостным врагом. Феодосий II созвал Третий Вселенский собор в 431 г. в Эфесе — городе на побережье Малой Азии, сопровождавшийся ожесточенными спорами епископов. Собор осудил несторианство и принял Деву Марию Богородицей. Сам Нестор был отстранен от своего поста и отправлен в изгнание в Верхний Египет.

И вновь победила Александрия.

Несмотря на это, несторианство продолжало существовать в Малой Азии и Сирии, и в конце концов, когда давление государства стало слишком сильным, несторианцы отправились в изгнание на восток, в Персию. Благодаря им в конечном счете греческая культура достигла и Китая.

Но затем константинопольский архимандрит Евтихий принял противоположную точку зрения. Он утверждал, что Иисусу присуща одна природа — божественная, а не две — божественная и человеческая. Так возникло учение монофизитов (с греческого «одна природа»), получивших поддержку в Египте, но с презрением отвергнутых в Константинополе.

Кирилл Александрийский умер в 444 г., а его преемник был убежденным монофизитом. Спор стал серьезным и опасным, так же как и арианский вопрос 100 лет назад, и Феодосий II не знал, как справиться с этим.

Но Феодосий II в 450 г. умер, его преемник Марсиан твердо придерживался убеждений о двойной природе Иисуса. Он созвал Четвертый Вселенский собор в 451 г. в Халкедоне — пригороде Константинополя, прямо у пролива в Азию.

Здесь в конце концов Александрия проиграла. Доктрина о двойной сущности, принятая и в Константинополе, и в Риме, стала частью католических догм, и учение монофизитов было объявлено ересью. Евтихия отправили в изгнание.

Александрия, однако, не смирилась с поражением. Она упорно придерживалась учения монофизитов, в первую очередь потому, что Константинополь был ее противником.

Религиозный раскол в империи (продолжавшийся, несмотря на очередные вселенские соборы) стал еще опаснее из-за военных неудач, постигших империю после смерти Феодосия I.

В этот период на трон взошли два его юных сына — один на востоке, другой на западе, и после этого империя больше никогда не была полностью единой. Появились две половины, обычно обозначаемые как Восточная Римская империя и Западная Римская империя. Феодосий и Марциан, главенствовавшие на Третьем и Четвертом Вселенских соборах, в таком же порядке были императорами Восточной Римской империи. Естественно, Египет тоже был частью Восточной Римской империи.

Больше всего из-за этого пострадала Западная Римская империя. За столетие после смерти Феодосия I гунны и различные германские племена проходили маршем по европейским провинциям империи. Вандалы, одно из германских племен, даже пересекли узкий пролив к югу от Испании, вошли в Африку и создали царство с центром около Карфагена.