Сам Новиков был оставлен в Шлиссельбурге. Нет оснований утверждать, как это делалось в советской историографии, будто издатель пострадал за просветительскую, тем паче за благотворительную деятельность, якобы вызывавшую ревность у Екатерины. В вину ему ставилось именно «уловление известной особы», то есть наследника. Нельзя не заметить также, что еще до начала правительственных гонений Николай Иванович был подвергнут суровому остракизму внутри ордена, а в 1792 году фактически сыграл роль «козла отпущения» за остальных «братьев».

Обращает на себя внимание разница в наказаниях издателя и других московских адептов. Соратников Новикова — Трубецкого и Тургенева — выслали в собственные деревни под Москвой, а Лопухина даже оставили в городе из «снисхождения к его дряхлому отцу». Из-под ареста он написал Екатерине такое трогательное письмо, что, по словам В. С. Попова, императрица плакала, читая его: «Государыня, я не злодей! Мать отечества! Я один из вернейших твоих подданных и сынов его… Никогда мысль одна против тебя не обращалась в душе моей… Буде существует какая на мне клевета, то я уверен, что все исчезнет от единого воззрения твоей прозорливости».

Каменное сердце смягчилось бы от таких слов. А наша героиня была по-немецки сентиментальна и по-русски сострадательна. Но в отношении Новикова эти чувства не шевельнулись в ней. Современники объясняли суровый приговор и личной неприязнью Екатерины после журнальной полемики, и тайнами, связанными с Павлом, и берлинским следом.

Однако еще в комедии «Обольщенный» императрица показала, что не ставит на одну доску «вымогателей» и их невольных сообщников. Трубецкого, Тургенева и Лопухина императрица посчитала «в числе обманутых», на них «лишь пало подозрение по причине тесного… обхождения» с Новиковым. Последний же, помимо прочего, был виновен, на взгляд Екатерины, в «краже» — о невозврате занятых денег вопияли многие заимодавцы, между тем Авдотьино процветало. Одних долгов на издателе нашлось на сумму свыше 700 тысяч рублей. Дома и склады Новикова в Москве пустили с молотка. В 1795 году последовал указ о продаже имения с публичных торгов. Правда, аукцион удалось отсрочить до смерти Екатерины, а Павел прекратил преследование.

Но было в отношении императрицы к Новикову и нечто, кроме рационального неприятия. 18 сентября после чтения дела Ивана Тургенева она сказала Храповицкому: «Всех мартинистов обманывал… Шрёдер. Он при смерти оставил запечатанную духовную, и в ней точно нашли, что все это обман, в котором он сознавался. Они до того доходили, что призывали чертей: все найдено в бумагах Н[овикова], и ему от Шрёдера тысяч шесть досталось». Испуганный статс-секретарь «отражал нелепость, дивился легковерию». Но чьему? Екатерины, решившей, что мартинисты призывали чертей? Или самих адептов, полагавших магический акт возможным? Государыня не любила мистики, но в данном случае в ней говорила не просвещенческая насмешка над тем, чего нельзя пощупать руками, а обычная религиозная гадливость.

Тем не менее Екатерина сознавала суровость приговора. Новикову было позволено взять с собой в Шлиссельбург личного врача Багрянского и лакея. Эти люди добровольно разделили с Николаем Ивановичем заключение. По случаю своего освобождения издатель устроил торжественный обед, где рядом с собой на равных посадил и слугу. Впрочем, это не помешало ему вскоре продать крепостного за две тысячи рублей. Своего молодого секретаря из крестьян, над образованием которого Николай Иванович сам немало потрудился и которого любил настолько, что вместе обедал, барин забрил в солдаты. «Вот вам и мартинист, передовой человек!» — возмущался, услышав эту историю, князь П.