Лишь новое расследование дела убедило императрицу в том, что служебное рвение Глебова наносит ущерб ее престижу и урон трону, и она отстранила его от должности. Уволенный Глебов 20 февраля 1764 года подал императрице письмо, претендующее на исповедь. В нем Глебов поведал, как он по совету П. И. Шувалова женился на вдове Чоглоковой, как он терпел нужду в деньгах, побудившую его заняться откупами. Однако в письме ни слова не говорилось о том, что он покрывал преступления Крылова и что ради своекорыстных интересов попирал законы. Екатерина оставила послание без ответа, ибо не обнаружила в нем раскаяния за содеянное. Это видно из ее «Наставления» назначенному вместо Глебова генерал-прокурору князю Александру Алексеевичу Вяземскому, которое начинается фразами, осуждающими Глебова: «Прежнее худое поведение, корыстолюбие и лихоимство и худая вследствие сих свойств репутация, недовольно чистосердечия и искренности против меня нынешнего генерал-прокурора, все сие принуждает меня его сменить и совершенно помрачает и уничтожает его способность и прилежание к делам…».

Императрице были доподлинно известны достоинства и недостатки Глебова, но она по привычке уклоняться от резких оценок и характеристик не решилась на подлинную оценку генерал-прокурора даже в секретнейшем документе. В тексте, не предназначавшемся для печати, который публикаторы озаглавили «Портреты нескольких министров», императрица писала: «У Глебова очень большие способности, соединенные с равным прилежанием; это олицетворенная находчивость, но он плут и мошенник, способный однако на большую привязанность.

Жаль, что он молодым попал в руки Петра Шувалова, по образцу которого он и сформировался, он слишком тверд, чтобы можно надеяться, что бы изменится, только его личный интерес может его заставить измениться, это все, на что можно надеяться».

Несмотря на суровую оценку служебной карьеры А. И. Глебова, он не подвергся каре, которую заслуживал. 3 февраля 1764 года Глебов был уволен со службы с присвоением чина генерал-поручика, но с запрещением занимать правительственную должность. С него велено было взыскать убытки, причиненные иркутянам. Внес ли он их — неизвестно. В опале Глебов находился десять лет, в апреле 1773 года был вновь принят на службу, участвовал в суде над Пугачевым, в 1774 году назначен смоленским наместником, но затем вновь оказался под судом. Ничем закончились и преследования Крылова. По указу, его велено было вместо заслуженной им смертной казни «высечь в Иркутске кнутом и сослать на каторгу в работы вечно, а имение его, описав, продать с аукциона и взятые за оное деньги употребить на раздачи обиженным, кому что принадлежит в силу законов». Указ не был исполнен, Крылов не понес наказания, и купцы никакой компенсации не получили.

Так называемая иркутская история повлекла не только смену генерал-прокурора, но и дала повод императрице выступить в роли законодательницы — в 1764 году она сочинила «Наставление» вновь назначенному прокурору А. А. Вяземскому. Значение этого документа выходит за рамки определения обязанностей данного должностного лица. По сути, документ с полным основанием можно отнести к разряду программных актов императрицы, наметивших задачи царствования на ближайшие годы.

От генерал-прокурора Екатерина требовала преданности и честности: «Я весьма люблю правду, — прокламировала свою позицию императрица, — и вы можете ее говорить, не боясь ничего, и спорить против мене без всякого опасения, лишь бы только то благо произвело в деле».