Тем самым Арсений встал на путь открытой схватки с церковными иерархами, сидевшими в Синоде, и самой Екатериной. 6 марта того же года он отправил в Синод доношение с напоминанием обещания императрицы поднять скипетр в защиту «нашего православного закона». Заявлением, что даже при татарском иге церковное землевладение оставалось неприкосновенным, Арсений бросил вызов как духовной, так и светской власти. Протестовал ростовский митрополит и против навязываемой государственной властью обязанности монастырей содержать «всякие науки»: философию, богословие, астрономию, математику. Он соглашался лишь на содержание монастырями начальной школы.

Одновременно с официальным донесением Синоду Арсений решил оказать влияние на императрицу через приближенных к ней лиц — он отправил письмо симпатизировавшему ему А. П. Бестужеву-Рюмину и давнему своему приятелю духовнику Дубенскому. Бестужев замолвил словечко в защиту Арсения, но, получив от императрицы резкую отповедь, решил ей более не докучать. Екатерина писала: «Я чаю ни при котором государе столько заступления не было за оскорбителя величества, как ныне за арестованного всем Синодом митрополита ростовского». Она напомнила, что в прошлом даже за менее серьезные прегрешения «преосвященным головы секли», и что она, несмотря на свое милосердие и человеколюбие, обязана наказать нарушителя «тишины и благоденствия народа».

Синод 12 марта направил императрице доклад с осуждением доношения Арсения. «Оно клонится, — писалось в докладе, — к оскорблению ее императорского величества, за что Арсений подлежит великому осуждению». Однако Синод не осмелился определить меру «великого осуждения» и возложил эту обязанность на императрицу. Екатерина, хотя и обнаружила в докладе Синода «превратные и возмутительные толкования Священного писания» Арсением, а также его посягательство на спокойствие подданных, но, стремясь прослыть гуманной и имея возможность проявить милосердие, поручила определить наказание Синоду. Тот без промедления отправил в Ростов офицера с командой, поручив ему доставить митрополита Арсения в Москву, где в это время находился двор.

Между тем Арсений, не осведомленный о том, сколь неблагоприятные для него события последовали после первого доношения, отправил второе. В нем он восхвалял Елизавету Петровну за упразднение Коллегии экономии, писал об оскудении храмов и исчезновении церковного благолепия после секуляризации. Заканчивалось донесение просьбой уволить его на покой по причине одолевших его недугов. Вместо покоя Арсению довелось испытать множество тяжелейших испытаний.

В связи с доставкой Арсения в Москву Екатерина писала генерал-прокурору А. И. Глебову: «Нынешнюю ночь привезли враля, которого исповедывать должно: приезжай ужо ко мне, он здесь во дворце будет».

Разговор состоялся в присутствии Екатерины, но Арсений позволил себе столь непочтительно отзываться об императрице, что та заткнула уши и велела закрыть рот Арсения кляпом.

Враждебное отношение императрицы к ростовскому митрополиту не подлежит сомнению. Истоки этой враждебности следует искать не только в посланиях Арсения, но и в нелестных отзывах его об императрице, которые он высказывал окружению и которые стали ей известны.