После поражения Кар совершил странный поступок, вызвавший недовольство в столице: он решил отправиться в Петербург, чтобы лично доложить императрице о чреватой серьезными последствиями ситуации, сложившейся в Оренбургском крае и убедить двор в необходимости отправить на подавление восстания значительные силы.

Получив сообщение Кара о том, что он выехал в Петербург, оставив вместе себя генерал-майора Фреймана, президент Военной коллегии граф Чернышов расценил его поступок как противоречащий «военным регулам» и отправил навстречу ему курьера с предписанием немедленно возвратиться к своему отряду, где бы ни встретил его курьер, даже под Петербургом. Кар ослушался: получив под Москвой запрещение двигаться к Петербургу и предписание возвратиться к отряду, он все же продолжил свой путь и к неудовольствию императрицы появился в старой столице. Главнокомандующему в Москве, князю Волконскому, Екатерина велела уволить Кара от службы, «ибо в нужное время не надобно, чтобы больной и трус занимал место и получал жалованье». Возглавить карательные войска императрица поручила А. И. Бибикову, бывшему маршалу Уложенной комиссии.

Раздражение императрицы по поводу приезда Кара в Москву станет понятным, если учесть стремление Екатерины скрыть события на Яике не только от иностранных дворов и своих корреспондентов-просветителей, но и от собственных подданных: напомним, ее манифест от 16 октября 1773 года был напечатан в количестве всего 200 экземпляров и предназначался для распространения только на территории, охваченной восстанием. Императрица справедливо полагала, что любое антиправительственное движение подрывало престиж ее благодетельного правления.

Появление Кара сначала в Казани, а затем в Москве посеяло среди горожан панику — и без того возбужденное население, пользовавшееся слухами об успехах повстанцев, теперь, с появлением битого генерала, убедилось в достоверности слухов.

Прибытие Кара в Москву было некстати еще и потому, что движение развернулось в условиях войны с Османской империей, и беспорядки внутри страны могли дать основание османам проявлять несговорчивость во время мирных переговоров. Екатерина в письме к Якову Сиверсу, пользовавшемуся исключительным ее доверием, так объясняла причины, по которым необходимо было скрывать происходившее: «Этот ужас XVII 1-го столетия, который не принесет России ни славы, ни чести, ни прибыли… Европа в своем мнении отодвинет нас ко времени царя Ивана Васильевича — вот та честь, которой мы должны ожидать для империи от этой жалкой вспышки». Беспокойство Екатерины международным резонансом, вызванным внутренними событиями, явствует и из ее письма к Бибикову от 9 февраля 1774 года: «Колико возможно не потерять времени, старайтесь прежде весны окончать дурные и поносные сии хлопоты. Для Бога вас прошу и вам приказываю всячески приложить труда для искоренения злодейств сих, весьма стыдных пред светом».

Впрочем, приезд Кара в Москву имел и положительное значение — Екатерина, похоже, была всерьез встревожена размахом движения. Об этом свидетельствует не только назначение опытного карателя Бибикова, усмирявшего приписных крестьян на уральских заводах, но и отправка против Пугачева не рот или батальонов, а целых полков, дислоцировавшихся поблизости от русско-шведской границы.

Скрывать происходившее уже не было смысла — таинственность вынуждала пользоваться непроверенными слухами.