Западным корреспондентам императрица внушала мысль, что происходившее на Яике — мало значимый эпизод, главными действующими лицами которого являлись разбойники. Так, Вольтеру она писала в январе 1774 года о хозяйничанье в Оренбургской губернии шайки разбойников, справиться с которыми в состоянии четыре тысячи казанских ополченцев. Шайкой грабителей называла пугачевцев Екатерина и в письме к Бьельке, отправленном 16 января 1774 года. Точно такими же эпитетами Екатерина наградила участников движения в письме к Фридриху II, причем высказала полную уверенность, что движение будет скоро разгромлено: пугачевцы, извещала она короля, «толпа разбойников… более негодная и достойная презрения, чем опасная… Если эта неприятная для меня шалость доставила удовольствие моим врагам, то я имею причину думать, что это не надолго».

На поверку оказалось, что императрица и ее окружение недооценили и на этот раз силы повстанцев и их способность быстро восстанавливать потери. Первое крупное сражение прибывших в Оренбургскую губернию трех полков регулярной армии с повстанцами произошло 22 марта 1774 года. В рядах пугачевцев насчитывалось 8 тысяч человек, в то время как руководивший операцией Голицын располагал 6 с половиной тысячами. Сражение с повстанцами, засевшими в крепости Татищевой, началось с артиллерийской дуэли, длившейся три часа, но не принесшей успехов правительственным войскам. Тогда Голицын решил пойти на штурм, который продолжался шесть часов, причем повстанцы оказали ожесточенное сопротивление. Голицын доносил Бибикову: «…Я не ожидал такой дерзости и распоряжения в таковых непросвещенных людях в военном ремесле, как есть сии побежденные бунтовщики».

В Татищевой Пугачев потерпел жестокое поражение: его армия перестала существовать, была утрачена вся артиллерия. Голицын и Бибиков были уверены, что сражение, во время которого удалось спастись лишь Пугачеву с горсткой сподвижников, положило конец движению. Бибиков делился этими соображениями с князем Волконским: «Теперь я могу почти ваше сиятельство с окончанием всех беспокойств поздравить, ибо одно только главнейшее затруднение и было, но оно теперь преодолено, и мы будем час от часу ближе к тишине и покою». Уверенность в близком окончании мятежа разделяла и императрица, извещавшая Бьельке о решительном поражении Пугачева.

Однако желанной «тишины и спокойствия» карателям пришлось ожидать почти полгода, хотя их победа и оказала серьезное влияние на ход событий в Оренбургском крае. Прежде всего была снята блокада с Оренбурга и Уфы. Под Уфой пугачевцами командовал Зарубин-Чика, возведенный Пугачевым в ранг графа Чернышова. Обложенная 24 ноября 1773 года со всех сторон Уфа сопротивлялась силами гарнизона и жителей города. Несмотря на многочисленность войск, достигавших в иные дни 20 тысяч человек, осаждавшие никак не могли овладеть крепостью. Иногда им даже удавалось ворваться в нее, но каждый раз приходилось откатываться на исходные рубежи.

Конец осаде Уфы положило сражение у Чесноковки 24 марта 1774 года, в ходе которого правительственные войска под командой подполковника Михельсона одержали победу. Они захватили более полутора тысяч пленных и 25 пушек. Зарубин-Чика, бежавший в Табынск, был схвачен казаками и выдан карателям.

После двух крупных поражений начался второй этап крестьянской войны. Основные события этого этапа развернулись на горнозаводском Урале, а главной опорой восставших стали горнозаводское население Южного Урала и башкиры. Из приписных крестьян и мастеровых людей формировались сотни и полки повстанческой армии. Здесь проявили себя такие вожаки движения, как Белобородов и Салават Юлаев.

Второй этап крестьянской войны отличался некоторыми особенностями.