Общий ущерб, нанесенный помещикам и представителям администрации Нижегородской губернии, составил 174 239 рублей. Нижегородский губернатор А. Ступишин писал московскому главнокомандующему князю М. Н. Волконскому: «чернь вся почти преклонна к грабительству, предает смерти помещиков своих». Имущество и имение казненных в Воронежской губернии оценивалось в 447 166 рублей. Мануфактурист Пензенского края А. И. Бахметев доносил: «он в сие возмущение разорен почти до бесконечности… Привилегированные его хрустальная и стеклянная фабрики, действуемая по 7 печей, разорены, товар перебит, деньги разграблены, записки, в которых записано, что кому роздано на поставку материалов, сожжены и изодраны». Аналогичная судьба постигла тайного советника Лунина, конный завод и суконная фабрика которого разграблены и разорены, «и что с собой какие пожитки взять не могли, то били и изломали, равно как и прикащиковы пожитки и деньги». Приказчики, как правило, разделяли участь своих бар — их столь же немилосердно вешали. Но были и исключения, когда староста и приказчик выступали «главными зачинщиками» грабежа, как то случилось в селе Пиченеск, где по инициативе старосты Алексеева и приказчика Иванова крестьяне убили помещицу и поделили между собою ее имущество.

Во всех источниках правительственного происхождения и мемуарах современников из дворян и чиновников Пугачев именовался только «злодеем», а пугачевцы «толпой злодеев». Жестокость пугачевцев действительно надлежит считать кровавой и чудовищной. Но не менее чудовищной была жестокость карателей. В действиях императрицы и правительственных войск прослеживается два вида расправы с повстанцами. Один осуществлялся самой императрицей, стремившейся выглядеть респектабельной государыней, строго соблюдавшей законность и цивилизованный правопорядок.

Вожакам движения при захвате в плен сохраняли жизнь. Это прежде всего относится к самому Пугачеву и его ближайшим соратникам, которые, оказавшись в плену, не были тут же повешены, а содержались в заточении и подвергались троекратному допросу следственных комиссий, действовавших в Яицком городке, Симбирске и Москве. Сподвижникам Пугачева, стоявшим у истоков движения, И. Н. Зарубину-Чике, М. Г. Шигаеву, И. Я. Почиталину, А. П. Перфильеву и многим другим тоже сохранили жизнь до суда.

Их не повесили сразу, а подвергли допросам и суду, выполняя волю императрицы, поручившей следователям выяснить три интересовавших ее вопроса: не инспирировано ли движение противниками императрицы, стремившимися усилиями самозванца лишить ее трона; не причастны ли к движению иностранные государства, пытавшиеся путем организации беспорядков внутри страны ослабить ее. На оба вопроса следователи дали отрицательный ответ. Дать ответ на третий вопрос было труднее всего: как возникла идея объявить себя самозванцем, какова «технология» ее реализации, какие цели ставило перед собой движение.

Своими мыслями на этот счет Екатерина делилась с Вольтером. 22 октября 1774 года она писала: «До сих пор нет ни малейших данных предполагать, что он был орудием какой-либо державы, или он следовал чьему-либо вдохновению. Приходится предполагать, что господин Пугачев сам хозяин-разбойник, а не лакей какой-либо живой души».

Следствие и суд — это видимая часть айсберга; за нею скрывались произвол, бесчинства и жестокости карателей, действовавших столь же свирепо, как и пугачевцы. Только с 1 августа по 16 декабря 1774 года по повелению командующего карательными войсками генерала П. И. Панина казнено 324 повстанца, наказано кнутом с урезанием ушей 399 человек, наказано плетьми, розгами, шпицрутенами, батогами 1205 человек. Из шести тысяч взятых в плен в последнем сражении под Черным Яром Панин освободил от наказания только 300 человек.