В феврале 1358 года Изабелле слегка нездоровилось. Очевидно, в апреле она достаточно оправилась, чтобы сопровождать королеву Филиппу, короля Иоанна и его сына Филиппа, будущего герцога Бургундского, на празднование дня Святого Георгия в Виндзоре, где состоялся великолепный рыцарский турнир, в котором приняли участие множество рыцарей из других стран. Это был случай отметить на большом виндзорском дворе завершение постройки нового колледжа Эдуарда, который должен был стать ядром ордена Подвязки — и, без сомнения, король получал громадное удовольствие, показывая Изабелле все и вся. Это был последний раз, когда она появилась на публике.

Королева-мать могла приложить руку к составлению мирного договора, который был заключен между королем Эдуардом и королем Иоанном в следующем месяце. В соответствии с договором Иоанн обязался выплатить 4 миллиона золотых крон в счет выкупа и признать Эдуарда суверенным правителем Гаскони, Кале, Гиня, Понтье и Монтрейля. Два последних графства составляли часть приданого Изабеллы, и она имела законный интерес в любом соглашении, то есть невероятно, чтобы такой договор был заключен без ее участия.

В июне того же года Изабелла, которой вскоре должно было исполниться шестьдесят три года, совершила последнюю поездку к усыпальнице Беккета в Кентербери, взяв с собой свою дочь Джоан. Она была там множество раз до того, либо одна, либо с отцом Джоан: святой Фома был любимым святым не только Эдуарда II, но и самой Изабеллы, так что она, естественно, искала его заступничества, настоятельно нуждаясь в искуплении своих грехов. Незадолго до этого она пожертвовала 2 фунта аббатисе монастыря минориток за Олдгейтом, так что эта добрая женщина могла купить продукты для общины на годовщину смерти Эдуарда, покойного короля Англии, и Джона Элтемского. Усопшие, несомненно, постоянно занимали мысли Изабеллы в то время.

Тот факт, что мать и дочь оставались в Лидском замке с 13 июня по 2 июля, заставляет предположить, что именно в это время Изабелла вновь заболела. Согласно ее «Домовой книге», она почувствовала недомогание сразу же после того, как приняла слишком большую дозу сильнодействующего лекарства, которое она предположительно принимала до этого в другой ситуации, возможно, в феврале, когда ее подкосило недомогание. Это могло быть первым проявлением болезни, которая и свела ее в могилу. 1 августа лондонский аптекарь Николас Томасон получил плату за пряности и мази для королевы-матери, приобретенные, вероятно, в тот период, когда обе королевы отправились в поездку к востоку от столицы, в Хартфордский замок. Догерти указывает, что эти средства не обязательно были лекарственными, но могли потребоваться для изготовления духов или в качестве приправы к пище.

Но 12 августа из Хартфорда в Лондон были отправлены посыльные за лекарствами, а к 20 августа состояние Изабеллы уже вызывало достаточно тревоги, чтобы «с величайшей поспешностью» вызвать двух докторов: один был знаменитым лондонским врачом, другой, мэтр Лоуренс, хирургом королевы, который сопровождал ее в Кентербери и еще находился там. Его присутствие в паломничестве — еще одно подтверждение того, что Изабелла уже была нездорова, когда отправлялась в путь.

Не похоже, чтобы мэтр Лоуренс добрался в Хартфорд вовремя, потому что Изабелла скончалась там 22 августа 1358 года, в присутствии своей дочери Джоан.

Принц Уэльский находился в Валь-Рояль, когда получил известие о смерти бабушки. 28 августа король отдал распоряжения о вступлении во владение имуществом покойной королевы-матери, а к 19 сентября принц побывал в Чейлсморе и Ковентри, приняв их во владение, как и хотела Изабелла.