Некоторые из своих книг, в том числе Библию, Апокалипсис и псалтырь, Изабелла завещала своей дочери Джоан, тогда как оставшиеся, включая генеалогию, отошли монахам Королевского Истона в Уилтшире.

Подготовка пышной погребальной церемонии, какую Эдуард собирался устроить для матери, потребовала времени. Следуя ее собственным указаниям, набальзамированное тело Изабеллы обрядили в ее свадебную мантию, которую она сберегала полвека, — еще один признак того, что покойный муж в последние месяцы жизни занимал в ее мыслях важнейшее место — и в францисканское платье «для защиты против нападок диавола». Тело лежало в часовне Хартфордского замка три месяца, до 23 ноября, под постоянным присмотром четырнадцати человек из бедного люда, которым платили по 2 пенса в день от имени короля. Джон Гинвелл, епископ Линкольна, аббат Уолтемский и приор Ковентри приезжали в эту часовню, чтобы служить заупокойные мессы.

21 ноября Эдуард приказал лондонским шерифам очистить улицы от грязи и нечистот и посыпать гравием Бишопсгейт и Олдгейт «в ожидании прибытия тела его дражайшей матушки, королевы Изабеллы» в столицу для похорон, и дал им 9 фунтов, чтобы оплатить расходы. Тем временем тело королевы с великой торжественностью везли из Хартфорда на юг. Прежде похорон его положили в Майл Энд, в доме Джона Галейса, где члены королевской семьи сидели у тела. Позднее Галейсу было уплачено 10 фунтов в качестве возмещения за «убыток, понесенный им, когда он не мог пользоваться своим домом». Это мог быть тот самый Джон Галейс, которому Роджер Мортимер в 1330 году выплатил награду за хорошую службу ему.

Эдуард устроил грандиозные похороны. 27 ноября процессия с телом Изабеллы с великой пышностью прошла через весь Лондон, и вслед за телом шел принц Уэльский как самый близкий родственник на похоронах, «все прелаты и бароны Англии, равно как и те французские лорды, кои были в то время удерживаемы в Англии как заложники», и толпы сановников. Нет свидетельств о том, присутствовал ли на похоронах сам король — но в средние века протокол обыкновенно препятствовал английским монархам бывать на похоронах. Среди толпы зрителей был юноша по имени Джеффри Чосер, паж из свиты третьего сына короля, Лайонела Антверпенского; этот самый Чосер позднее станет известен как первый великий писатель, творивший на английском языке, автор «Кентерберийских рассказов».

После заупокойной службы, которую отслужил Саймон Айлип, архиепископ Кентерберийский, тело королевы было погребено в центре францисканской церкви в Ньюгейте; могила ее тетки, Маргариты Французской, находилась поблизости, но восточнее, у алтаря. 12 февраля 1359 года пятеро бедняков получили от короля деньги и платье, дабы они молились за душу Изабеллы. В разных краях королевства были розданы вклады на ежедневные заупокойные мессы, чтобы молитвами проложить ей беспрепятственный путь на небеса.

Начиная с XII века в королевских семействах Европы практиковалось отдельное захоронение сердца. Те, кто был в состоянии позволить себе это, желали на пользу себе предоставить людям возможность молиться за них у нескольких гробниц и таким образом ускорить свой проход через чистилище. Тело Ричарда I было похоронено в 1199 году в Фонтевро — но в Руане была построена полноразмерная гробница с надгробием, где лежало его сердце; позднее были возведены три более-менее идентичных гробницы в память Элеоноры Кастильской: одна для ее внутренностей в Линкольнском соборе, другая для сердца в церкви доминиканского монастыря в Лондоне и третья, для прочих останков — в Вестминстерском аббатстве.