В 1299 году папа Бонифаций VIII наложил запрет на разделение тела королевских особ, но в 1304 году этот запрет был смягчен для членов французского королевского дома, и другие династии восприняли этот сигнал, хотя в XIV веке подобная практика в Англии прекратилась. В 1323 и 1345 годах Изабелла добилась разрешения папы на то, чтобы ее останки были захоронены в трех различных местах — но этого, по-видимому, не произошло. Вероятно, ее сердце похоронено под простым серым камнем с выбитой на нем надписью ISABELLA REGINA, в норманнской приходской церкви святого Лаврентия в замке Райзинг; но нет ни документов, ни свидетельств, чтобы где-то были отдельно захоронены ее внутренности.

Однако есть подтверждение, что по ее личной просьбе сердце Эдуарда II в серебряной шкатулке было положено в гроб Изабеллы, на ее грудь. Поскольку она вряд ли хотела быть похороненной с сердцем привратника, это более или менее убедительное доказательство того, что тело в Глостерском кафедральном соборе она считала принадлежащим Эдуарду II.

Многие авторы осуждают Изабеллу за то, в чем видят последнее проявление лицемерия — хотя это, вероятно, был еще один поступок во искупление грехов, как и погребение в свадебной мантии. Вступление в религиозный орден в качестве кающейся грешницы заставляет предположить, что ее более заботили раскаяние, очищение и спасение, чем воспоминания о том зле, которое Эдуард причинил ей, или о том, как она делила плотские радости с Мортимером. В конце концов, Эдуард был ее первым мужчиной, отцом ее детей, у них были годы мирного сосуществования, и многие годы она мечтала, чтобы его сердце принадлежало ей. И кто знает, не подал ли ей отшельник из Чечимы знак прощения перед своей смертью?

Эдуард III проследил, чтобы слуги Изабеллы после ее смерти получили награду за службу. Позже, когда большое срединное окно в церкви, где она лежала, было выбито, он заплатил за то, чтобы его заменили «за упокой души славнейшей королевы Изабеллы». Каждый год, до собственной кончины в 1377 году, король торжественно отмечал годовщину ее смерти молебнами и поминальными службами. В согласии с ее распоряжениями (она сама задумала собственный памятник) он также воздвиг над останками Изабеллы прекрасное мраморное надгробие с ее алебастровым изображением. Над надгробием, вопреки обычаю, трудилась женщина-скульптор, Агнес Рэмси, которая унаследовала мастерскую своего отца. Мастер Николас из Лаута также приложил к нему руку, а кроме того, свой труд вложили каменщики, кузнецы и художники. Памятник был, очевидно, закончен в течение года, поскольку в 1359 году некоему кузнецу Эндрю было уплачено 110 фунтов за изготовление декоративной железной ограды, окружающей его. Пять лет спустя над могилой был сооружен расписной полог.

В 1362 году умерла дочь Изабеллы Джоан и по ее просьбе была похоронена рядом с матерью в церкви Серых Братьев (францисканцев). Двадцать лет спустя тело внучки и тезки Изабеллы было погребено здесь же. В этой же церкви были похоронены два духовника Изабеллы и одна из ее прислужниц.

Увы, памятник Изабеллы, как и все прочее, мы безвозвратно утратили. Он был поврежден и изуродован во время Реформации 1530-х годов, когда францисканский монастырь разогнали. Затем, еще до 1566 года, когда в царствование Елизаветы I бывшая святыня нищенствующего ордена стала местной приходской церковью, сэр Мартин Боуз, лорд-мэр Лондона, продал памятник вместе с девятью другими надгробиями царственных особ и несколькими надгробными плитами за 50 фунтов. О том, что сталось с ними, ничего не известно.

Церковь, в которой они когда-то находились, была разрушена при Великом пожаре 1666 года, а позже ее восстановил сэр Кристофер Рен как церковь Христа. Именно церковь Рена была разрушена во время бомбардировки Лондона, и ее руины мы можем видеть еще и сегодня. На месте, где был монастырь, теперь разбит небольшой парк, стоит здание, принадлежащее почтовой службе, и проходит оживленная магистраль.