Согласно свидетельству итальянского хрониста Петруччио Убальдини, инструкции позволяли Дрейку наведаться к берегам Пиренейского полуострова, осмотреть испанские и португальские гавани и в случае обнаружения там скопления вражеских судов уничтожить их. С другой стороны, если бы Дрейк встретил испанскую армаду в открытом море, ему надлежало немедленно отправить сообщение об этом правительству, а затем следовать по пятам за неприятелем, изыскивая благоприятную возможность нанести оному как можно больший урон. Исключительные полномочия, переданные сэру Фрэнсису, давали ему также право приказывать офицерам в портах проводить при необходимости мобилизацию местных сил и концентрировать их в наиболее уязвимых местах побережья. Наконец, он мог задерживать любые иностранные суда, перевозившие военную контрабанду.

3 января, едва закончились новогодние праздники, Дрейк выехал в Плимут для снаряжения эскадры. Цель его экспедиции, разумеется, хранилась в глубоком секрете, однако молва быстро разнесла весть о том, что адмирал пойдет охотиться за «серебряным флотом». По наблюдению некоего испанского пленника, желающих записаться в экспедицию было столько, что их хватило бы на укомплектование экипажами двухсот кораблей. Но в распоряжении Дрейка находилось пока лишь 13 судов — все из состава прежней экспедиции. Отсутствовали семь обещанных кораблей королевского флота, пять приватных судов лондонской эскадры и пять иных вооруженных «купцов», необходимых для доведения численности эскадры до искомых тридцати единиц.

Увы, политическая ситуация к этому времени снова изменилась. Королева, по всей видимости, получила информацию о том, что Филипп отложил выход своей армады в море на неопределенное время. Данное обстоятельство давало ей шанс попытаться разрешить англо-испанские противоречия мирным путем. Елизавета послала лорд-адмиралу Хоуарду новый приказ: сократить численность набранных команд вдвое. К 18 января этот приказ был выполнен.

Тем временем три судна из числа обещанных Дрейку — «Хоуп», «Нонпарел» и пинас «Эдвайс» — пришли в Портсмут. Еще два судна — «Мейкшифт» и пинас «Спай» — проводили разведку у берегов Испании. Чатемский дивизион, по данным Дж. Корбетта, вышел в море и взял курс на Плимут в середине января. Он включал в себя галеоны «Эйд», «Свифтшур» и 46-пушечный «Ривендж»; последний должен был стать флагманом эскадры Дрейка.

Чтобы ускорить формирование экспедиции, адмирал задержал пять шведских хульков — очевидно, под предлогом того, что они везли военную контрабанду. Два из них вышли из Лиссабона 2 января, а 20-го были захвачены в районе Плимута. От пленных Дрейк узнал, что работы по снаряжению армады полностью «заморожены». Эту информацию вместе с несколькими пленниками он тут же отправил в Лондон. Одновременно от английского посла в Париже пришло сообщение, что болезни, смерти и массовое дезертирство привели армаду в состояние полного расстройства. Елизавета реагировала на полученные известия мгновенно и вновь скорректировала свои планы. Дрейк получил приказ отпустить задержанные шведские суда и ждать дальнейших указаний.