Между тем королева снова стала склоняться на сторону противников войны с Испанией. Вместо того чтобы продолжить нанесение ударов по испанским морским коммуникациям и уничтожение кораблей противника, она не только запретила Дрейку отправиться в новый поход к берегам Пиренейского полуострова, но и не дала согласия на мобилизацию всех военно-морских сил своего королевства.

Тем временем король Филипп не собирался откладывать дело в долгий ящик. Его обычная медлительность вдруг «сменилась упрямым нетерпением начать военные действия немедленно, так что адмиралы с трудом сдерживали его пыл». Король разработал свой план операции против Англии. Согласно его замыслу армада должна была выйти в море уже в сентябре, доставить войска и снаряжение во Фландрию, там принять на борт армию испанского наместника Нидерландов герцога Пармы, а затем высадить ее на побережье Англии.

Однако осуществить этот проект на практике было не так-то просто. Хотя поступило сообщение, что андалусская эскадра вышла в море в июле, бискайская эскадра Окендо смогла покинуть Пасахес лишь месяц спустя. Маркиз де Санта-Крус, отправившийся с португальской эскадрой к Азорским островам, вернулся к мысу Сан-Висенти только в конце сентября. Когда он прибыл наконец в Лиссабон, оказалось, что его галеоны потрепаны бурями и нуждаются в длительном ремонте. Весь октябрь маркиз пытался убедить короля отложить выход армады до лучших времен, но Филипп не хотел ничего слушать.

В конце месяца бискайская эскадра добралась до Лиссабона и присоединилась к основным силам армады. Однако даже в ноябре корабли были укомплектованы людьми и военным снаряжением лишь наполовину. Санта-Крус полагал, что все работы можно будет завершить не раньше декабря, о чем откровенно докладывал его католическому величеству. Филипп подозревал, что адмирал сознательно тянет время, придумывая всяческие отговорки.

Возможно, его подозрения имели под собой основания. Как опытный флотоводец, Санта-Крус понимал, сколь печальные последствия может иметь морская экспедиция, предпринятая без должной подготовки, в разгар зимних штормов и неустойчивой туманной погоды, характерной для окружающих Англию морей. Об этих и иных опасностях он написал королю в пространном меморандуме, предлагая начать экспедицию не ранее марта 1588 года. При этом маркиз заверил своего суверена, что, если тот прикажет вывести армаду в море немедленно, он, как верный слуга, незамедлительно исполнит монаршую волю.

Королю доводы адмирала и его медлительность не понравились, но повлиять на ситуацию он не мог. Пришлось смириться с мыслью о том, что в 1587 году начать поход Великой армады уже не удастся.

Елизавета недолго держала сторону «партии мира». Получая все новые и новые сообщения шпионов о приготовлениях испанцев, королева осенью решила предпринять меры по подготовке своих военно-морских сил к отпору неприятеля. В октябре сэр Уолтер Рэли добился для Дрейка разрешения посетить Лейстера, чтобы обговорить с ним проект нового антииспанского предприятия. «Сэр Фрэнсис, — писал Рэли, — полон надежд снова вернуться в Индии». Спустя короткое время были предприняты кое-какие практические шаги по подготовке экспедиции. Примерно в это же время небольшая, но хорошо снаряженная эскадра сэра Генри Палмера была отправлена для блокады побережья Фландрии в районе Дюнкерка. 13 ноября Джон Хокинс предложил снарядить 17 кораблей для охраны острова Уайт, а 24 ноября часть кораблей королевского флота решено было передать под командование Дрейка для операций в Атлантике.