В случае, если буря разметает армаду, назначьте рандеву в бухте Виго, порту Ла-Корунья и около островов Силли. В Ла-Манше надлежит избегать баталий с Дрейком, если только его силы не окажутся в меньшинстве, а ветер будет Вам благоприятствовать… Армада должна дойти в полном составе к месту встречи…

Если же не будет иного исхода, как вступить в сражение с армадами английского адмирала [Хоуарда] и Дрейка, знайте, что Ваши силы значительнее и Вы можете, встав по ветру и произведя иные маневры, дать им бой, ожидая, что Господь ниспошлет Вам победу.

Не примените сообщить всем, что враг, пользуясь артиллерией и огневым боем, не станет приближаться к нашим судам, в то время как в наших интересах сблизиться и взять их на абордаж…»

В это время правительство Елизаветы поставило перед Дрейком новые задачи. Прежний план кампании отменялся; сэру Фрэнсису предписывалось сформировать специальную эскадру для предотвращения возможного вторжения вражеских сил в английские воды. По замыслу министров, все морские силы страны надлежало разделить на два флота — Восточный и Западный. Первый должен был находиться у берегов Великобритании, защищая подступы к ним с востока. В задачу Западного флота входило дежурство на ирландском и испанском направлениях, чтобы не дать возможности армаде прорваться в Южные Нидерланды и соединиться с флотом Фландрии. Кроме того, предусматривалась возможность экспедиции к берегам Португалии, чтобы обеспечить там высадку дона Антониу — претендента на португальскую корону. Финальной частью этой экспедиции должен был стать рейд к Азорским островам с целью перехвата флотилий, направлявшихся в метрополию из Америки и Ост-Индии.

По мнению Дж. Корбетта, этот план не выдерживал никакой критики. Самым слабым его местом было разделение флота на два независимых дивизиона, из коих один должен был оперировать против армады у западных берегов Англии, а второй сдерживать активность флотилии Пармы в Северном море. План полностью игнорировал предложения Дрейка о нанесении превентивного удара по армаде в портах ее базирования.

30 марта Дрейк снова писал членам Королевского совета, доказывая, что «с пятьюдесятью кораблями мы добьемся гораздо большего у их собственных берегов, чем с намного большими силами можем сделать здесь, дома». В этом же письме он сетовал на то, что полученная им амуниция составляет лишь третью часть того, в чем он нуждается, и просил прислать еще пороха, так как имеющегося не хватало даже для проведения учебных артиллерийских стрельб. Порох обещали прислать. Заодно королева спрашивала у Дрейка совета, каким образом можно уничтожить корабли армады, стоявшие в порту Лиссабона, и какой величины должен быть ее флот, чтобы противостоять флоту неприятеля.

Дрейк ответил ей 13 апреля. По его мнению, теперь, когда испанские эскадры объединились в устье Тежу и стоят под прикрытием береговых фортов, атаковать их там бессмысленно. Более реальным делом представлялось нападение на какой-нибудь менее значительный вражеский порт. Это заставило бы армаду выйти в море, а уж там англичане могли бы помериться с нею силой. Для реализации такого плана Дрейк нуждался в усилении мощи плимутской эскадры и снабжении ее достаточным количеством пороха и продовольствия. Он просил королеву передать под его командование еще четыре военных корабля «и те шестнадцать судов с их пинасами, которые снаряжаются в Лондоне». Сделать это нужно было как можно быстрее, ибо одним из важнейших залогов успеха сэр Фрэнсис считал фактор внезапности. Но его предложения не были приняты во внимание.

17 апреля лорд Хоуард получил приказ идти с частью флота на запад, чтобы соединиться с плимутской эскадрой Дрейка. В районе Дуврского пролива он оставил эскадру лорда Генри Сеймура, который должен был блокировать действия фландрской флотилии герцога Пармы. Флагманом Сеймура был новый галеон «Рейнбоу». Вице-адмиралом эскадры был назначен сэр Генри Палмер, державший свой флаг на 400-тонной «Антилопе», а контр-адмиралом — сэр Уильям Уинтер, командовавший 450-тонным «Вангардом» (он сменил Ричарда Хокинса, командовавшего «Своллоу»), Кроме того, в составе эскадры Сеймура находились еще 14 королевских судов разных типов и размеров, а именно: «Бул» — 200 тонн, капитан Джереми Тёрнер; «Тайгер» — 200 тонн, капитан Джон Восток; «Трамонтана» — 150 тонн, капитан Лак Уорд; «Скаут» — 120 тонн, капитан Генри Эшли; «Эшейтс» — 100 тонн, капитан Грегори Риггс; «Чарлз» — 70 тонн, капитан Джон Робертс; «Спай» — 50 тонн, капитан Амброуз Уорд; «Мерлин» — 50 тонн, капитан Уолтер Гауэр; «Сан» — 40 тонн, командир мистер Ричард Баклер; «Джордж» — 100 тонн, командир мистер Ричард Ходжес; судно «Фэнси»; кеч; 90-тонная бригантина под командованием капитана Томаса Скотта и галера «Бонаволия», переданная под командование Уильяма Бороу.