Однако судьба уготовила Дрейку новое испытание. 13 апреля, едва флот покинул Плимутскую гавань, ветер резко переменился и кораблям пришлось возвращаться назад. Оба руководителя экспедиции едва не плакали от отчаяния. Ко всему прочему, им пришлось испытать шок от появления на флоте графа Эссекса — молодого фаворита стареющей королевы, который сбежал от кредиторов и праздного безделья при дворе, мечтая о ратной славе и испанском золоте. Граф спрятался на корабле «Свифтшур» сэра Роджера Уильямса. Следом за Эссексом из Лондона выехал сэр Фрэнсис Ноллис, получивший от Елизаветы приказ найти беглеца и вернуть назад. В Плимуте он не застал «Свифтшур» и, получив в свое распоряжение быстроходный пинас, отправился на поиски упомянутого судна. Не найдя его в открытом море, Ноллис вернулся в Плимут.

В это время граф Хантингтон — родственник королевы и ее близкий друг — нагрянул в порт со строжайшим предписанием арестовать Уильямса. Дрейк и Норрис были готовы содействовать королевскому посланнику в его намерениях, и сэр Фрэнсис Ноллис снова был отправлен в море на поиски «Свифтшура». Одновременно руководители экспедиции начали забрасывать Тайный совет письмами, жалуясь на острый дефицит продовольствия и невозможность дальнейшего содержания двадцати тысяч людей. Часть волонтеров была списана на берег, часть дезертировала. Елизавета, менее всего заинтересованная в срыве задуманного предприятия, распорядилась кормить солдат и моряков за счет казны до момента выхода экспедиции в море.

Ветер по-прежнему оставался неблагоприятным и лишь 16 апреля начал менять направление. Оставив капитана Кросса ожидать подвоза обещанного провианта, Дрейк отдал приказ по флоту немедленно сниматься с якоря. До 18 апреля он лавировал в Ла-Манше, пока не подул устойчивый норд, позволивший основным силам экспедиции достичь северо-западной оконечности Бретани. В районе острова Уэсан выяснилось, что не менее двадцати пяти фламандских транспортов примерно с двумя или тремя тысячами солдат отбились от флота и не смогли явиться на рандеву. Несмотря на это, Дрейк не стал тратить время на их ожидание, так как больше всего боялся потерять попутный ветер.

Инструкции предписывали адмиралу идти сначала к берегам Пиренейского полуострова, чтобы там найти и уничтожить испанские корабли, уцелевшие после катастрофы 1588 года. Кроме того, в ходе крейсерства он должен был выяснить, как португальцы относятся к дону Антониу и какова численность испанских войск в Португалии. Если ситуация будет благоприятной для возведения дона Антониу на престол, англичане должны помочь ему в этом; если нет — экспедиции предписывалось идти к Азорским островам. В случае успешного возведения дона Антониу на престол англичане должны были сначала убедиться в том, что его положение в стране достаточно прочное, и добиться от него компенсации расходов, понесенных при снаряжении экспедиции. Только после этого в союзе с вооруженными силами дона Антониу флот должен отправиться к Азорским островам и, захватив один из них, превратить его в базу для оперирования против испанского судоходства.

Таким образом, вместо того чтобы сразу идти к Лиссабону (как предусматривалось первоначальным планом Дрейка и Норриса), королевские инструкции обязывали руководителей экспедиции сначала развернуть крейсерскую войну у берегов Гипускоа, Бискайи, Кантабрии, Астурии и Галисии. Не рискнув ослушаться высочайшего повеления, Дрейк повел свой флот в сторону Сантандера. Ветер, однако, внес свои коррективы в планы англичан, вынудив их сместиться дальше к западу. Узнав, что в порту Ла-Коруньи находится большое количество вражеских судов, Дрейк и Норрис решили отправиться туда. 24 апреля флот появился недалеко от столицы Галисии.