Дивизионными командирами были Уолтер Деверо — генерал кавалерии, капитан Йорк — лейтенант кавалерии, сэр Эдвард Норрис — генерал артиллерии, Джеймс Спенсер — лейтенант артиллерии, сэр Роджер Уильямс — генерал-полковник пехоты, капитан Краунворд — лейтенант пехоты.

Флот, по данным Дж. Корбетта, состоял из шести королевских кораблей и двух королевских пинасов, шестидесяти английских вооруженных «купцов» и примерно шестидесяти голландских флиботов — всего около 130 парусных судов, не считая пинасов. Все корабли были объединены в эскадры; в каждую входило около пятнадцати английских и пятнадцати голландских «купцов» во главе с королевским кораблем. Каждой из них командовал так называемый «полковник эскадры». Ему помогали «лейтенант эскадры», «капрал эскадры», «капитан вахты» и «главный мастер». Все они, кроме «главного мастера», имели ранг капитана. Пинасы были выделены в отдельный дивизион под командованием «мастера разведки», имевшего ранг «подполковника пинасов».

Во главе отдельных эскадр находились флагманский галеон «Ривендж» (полковник сэр Фрэнсис Дрейк, лейтенант Томас Дрейк, капрал Йонг, капитан вахты Уэбб, главный мастер Т. Уэст), галеон «Нонпарел» (полковник сэр Джон Норрис, лейтенант Секвилл, капрал Сейер, капитан вахты Чэмпнолл, главный мастер Вигнол), галеон «Дредноут» (полковник и вице-адмирал Томас Феннер, лейтенант Гастон, капрал Бейкер, капитан вахты Джеффорд, главный мастер Беннет), галеон «Свифтшур» (полковник сэр Роджер Уильямс, лейтенант Горинг, капрал Майлз, капитан вахты Джордж Дрейк, главный мастер Роберт Харт), галеон «Форсайт» (полковник сэр Эдвард Норрис, лейтенант Уинтер, капрал Крисп, капитан вахты Норвуд, главный мастер Р. Талент). Шестым королевским кораблем был «Эйд», которым командовал контр-адмирал флота Уильям Феннер. В его задачу входило наблюдение за тем, чтобы все эскадры занимали в строю отведенное им место. Претендент на португальский престол дон Антониу, будучи духовным лицом, не командовал в этой экспедиции ни моряками, ни солдатами.

Согласно сообщениям испанских шпионов, отправленным королю Филиппу 11 апреля, незадолго до отплытия флота Дрейка в Плимутский порт прибыло из Лиссабона судно, на борту которого находился французский каторжник. Он долгое время служил на испанских галерах и был хорошо осведомлен о состоянии дел в Португалии. Француз рассказал руководителям экспедиции, что «в Лиссабоне очень мало солдат, в замке — не более 150 человек, и совсем мало — в других фортах, к тому же плохо обеспеченных артиллерией и другим необходимым вооружением». Эти известия вселили в англичан «большие надежды на успех в Португалии».

Противные ветры, однако, задержали выход экспедиции в море на две недели. Вынужденный простой, как всегда, обернулся ростом незапланированных расходов и сокращением запасов провианта. Джон Дрейк и Уильям Хокинс-младший были отправлены в корсарский рейд, и продажа захваченных ими призов позволила наскрести средства для закупки дополнительной провизии, однако радикально решить проблему обеспечения кораблей съестными припасами не удалось. Руководителям экспедиции пришлось сообщить о сложившейся ситуации правительству, но никакой реальной помощи из Лондона они не получили — одни лишь обещания.

Наконец ветер изменил направление и стал благоприятным для выхода в море. Дрейк решил больше не задерживаться в порту в ожидании обещанной провизии.

Перед отплытием он написал в Лондон небольшой отчет о состоянии дел на флоте. У Дрейка было около 20 тысяч людей, из которых он смог хорошо вооружить 16 тысяч; что касается провизии, то ее должно было хватить на месяц, а в лучшем случае на пять недель. «К концу месяца, — сообщал он, — в Испании и Португалии созреет урожай, на который мы весьма рассчитываем, однако в настоящее время 20 тысяч человек обеспечены весьма скудно».