24 августа пришел пинас, капитан которого заверил командование флота, что видел армаду к западу от Оркнейских островов. Хоуард тут же успокоился. Для охраны Дуврского пролива была выделена небольшая эскадра сэра Генри Палмера, а остальным кораблям предписали оставаться в своих портах. После этого лорд-адмирал, лорд Генри Сеймур, лорд Томас Хоуард, лорд Шеффилд и, вероятно, сэр Фрэнсис Дрейк отправились ко двору королевы, оставив флот на попечении сэра Уильяма Уинтера, сэра Джона Хокинса и сэра Мартина Фробишера.

Армада между тем возвращалась домой кружным путем — вокруг Шотландии и Ирландии. Один из биографов Дрейка так описывал это бесславное и трагическое возвращение: «До Оркнейских островов флотилия держалась вместе. Но здесь туманы и бури разбросали ее, и каждый корабль стал думать о своем спасении. На многих кораблях не хватило провианта: ежедневный рацион был сведен до полуфунта сухарей, пинты воды и пинты вина. На иных не было и воды, потому что она вытекла из бочек, пробитых при стрельбе.

Большая часть кораблей разбилась о скалы Западной Ирландии. Берега были усеяны их обломками и выброшенными человеческими телами. На берегу залива Слайго один английский офицер насчитал тысячу сто трупов, и он слышал, что в нескольких милях лежит столько же. С кем не справились стихии, того прикончил человек: слишком уж заманчиво было содержимое кожаных мешочков, привязанных к поясам испанских солдат и матросов; слишком уж блестели золото на расшитых бархатных костюмах идальго, их цепочки и кольца на руках (на горе участников похода, золото было им выплачено вперед).

Несколько галеонов было заброшено в Голуэйский залив. Команда еле двигалась, истощенная голодом и жаждой; бочку вина с радостью отдавали за бочку воды. Горожане приютили их, отогрели, иных отходили, но потом несчастные попали в руки английских гарнизонных властей. Воспоминания о недавних ирландских бунтах, слухи о войне с Испанией, страх ответственности оказались сильнее побуждений человеколюбия, и был отдан приказ уничтожать испанских беглецов, где бы их ни нашли. Губернатор Коннаута доносил, что „от шести до семи тысяч были выброшены морем на наши берега, кроме нескольких тысяч, которым удалось бежать внутрь страны и которые потом все были казнены“. Видно, на кладбищах Ирландии было много свободного места.

Счастливы были те, кто вместе с адмиральским кораблем поднялся высоко на север, до 60-й параллели у Шетландских островов, и оттуда спустился, минуя берега Ирландии. Таких было до шестидесяти кораблей. И на них до половины людей погибло от ран, голода и жажды. Те, в которых еще теплилась жизнь, настолько ослабели, что еле двигались и были похожи скорее на тени».

В сентябре и октябре в порты Северной Испании вернулись 65 истерзанных кораблей армады — 55 галеонов и хульков, девять пинасов и один галеас. Герцог Медина-Сидония сошел на берег в Сантандере «совсем седым, хотя отправлялся в поход черноволосым». В письме королю Филиппу он отметил, что «вернулся на последнем издыхании», и попросил никогда более не поручать ему «ничего, связанного с морскими делами». Когда по пути в Сан-Лукар-де-Баррамеду герцог заночевал в Вальядолиде, в его опочивальне были слышны насмешливые крики молодых людей, до самого утра распевавших песенку «Дрейк, Дрейк, Дрейк идет».

В отличие от Медина-Сидонии, адмирал Хуан Мартинес де Рекальде отказался сойти на берег и скончался на борту своего корабля в конце октября. Та же участь — несколько ранее — постигла адмирала Мигеля де Окендо. По словам очевидца, он умер «от позора, тоски и печали, не сказав ни слова, отказавшись принять на смертном одре даже жену и исповедника». В довершение трагедии огромный флагман Окендо «Санта-Ана» взорвался в порту Сантандера и затонул вместе со ста людьми на борту.