Антонио де Сильва, секретарь президента, укрылся на островах в Панамском заливе и позже рассказал о том, что видел и слышал. Согласно его свидетельству, в девять часов утра, после взрыва порохового склада, послышалась стрельба из пушек, аркебузов и мушкетов, не утихавшая до полудня. Кроме того, он видел бой на пляже, где корсары пытались не допустить сожжения лодок и барок. В три часа пополудни Сильва услышал ружейные салюты — сначала два, потом три, потом пять, которые он принял за сигналы, указывавшие на то, что враг полностью овладел городом. Примерно в это же время он наблюдал, как монахи грузились на корабль «Ла Наваль», стоявший на якоре у острова Табога. Многие суда уже успели уйти в море, включая большой галеон «Сан-Фелипе Нери», отчаливший двумя днями ранее (на нем ушел Франсиско Гонсалес Саладо). Сам секретарь спасся на борту судна «Нуэстра Сеньора дель Буэн Сусесо», которое отплыло в четыре часа пополудни. С высокой кормы судна он видел охваченный пожаром город и клубы дыма, застилавшие клонившееся к закату солнце.

Пока одни флибустьеры рыскали по городу в поисках вина и денег, другие попытались спасти от пожара хотя бы часть зданий — в них могли находиться сокровища, ради которых они отправились в этот поход. Увы, устойчивый восточный бриз, разносивший искры на десятки метров, свел на нет все их усилия.

По словам Эксквемелина, после взятия Панамы «Морган приказал собрать всех своих людей и запретил им пить вино; он сказал, что у него есть сведения, что вино отравлено испанцами. Хотя это и было ложью, однако он понимал, что после крепкой выпивки его люди станут небоеспособными. Впрочем, угроза появления врага была маловероятной».

Ночь флибустьеры провели в окрестностях Панамы, в уцелевших от огня домах и хижинах, а на рассвете вернулись в город — точнее, в то, что от него осталось. Раненых доставили в церковь одного из монастырей, вокруг которой установили трофейные пушки.

Тем временем президент Панамы, полностью утратив управление не только войском, но и провинцией, отступил в городок Ната, находившийся в 70 милях к юго-западу от Панамы. 25 января (4 февраля) он обнародовал прокламацию: «Все, кто проживает в сим городе Нате и его юрисдикции, будь то солдаты, офицеры или любая иная персона, способная носить оружие, должны немедленно встать на защиту города Ната, принеся свое оружие…»

Через пять дней дону Хуану удалось собрать около трехсот солдат и ополченцев. Однако этих сил было крайне мало, чтобы выбить людей Моргана из Панамы. Весь месяц президент пытался увеличить свое войско, перемещаясь между Натой, Лос-Сантосом и индейской деревней Пенономе, но добился обратного результата: численность его войска не возросла, а сократилась. Бедный дон Хуан не видел в том своей вины. Он был убежден, что во всем виноваты трусливые подчиненные, отказывавшиеся выполнять его распоряжения. В конце своего отчета королю президент пафосно заявил:

«Сир, это было наказанием свыше, и то, что приключилось со мной, могло произойти даже с великим [конкистадором] капитаном Гонсало Фернандо де Кордовой, если бы его люди покинули его, поскольку один в поле не воин… Все президенты вместе взятые, какие когда-либо имелись в этом королевстве, не смогли бы сделать и третьей части того, что сделал я, дабы предотвратить указанное несчастье…»

30 января (9 февраля) дон Хуан написал письмо вице-королю Перу графу де Лемосу. Рассказав о потере крепости Сан-Лоренсо-де-Чагрес и Панамы и посетовав на свою несчастную судьбу, он отметил, что находится «без оружия, пороха, фитилей, ядер и денег, а все люди этого королевства так напуганы, что один лишь Бог мог бы вселить в них мужество». В то же время президент не удосужился сообщить вице-королю о численности врага, не сказал, сколько ему нужно солдат для победы над Морганом и в каких портах Панамского перешейка войска из Перу могли бы высадиться.