6 (16) февраля дон Хуан написал аналогичное письмо губернатору Картахены, а три дня спустя — письмо королеве. Во всех письмах он говорил о страхе, охватившем его людей, демонстрируя при этом полное невежество в вопросах, касавшихся военного дела.

Губернатору Картахены дону Педро де Ульоа стало известно о потере Панамы благодаря сообщению, доставленному ему по морю из Портобело 2 (12) февраля. В тот же день он получил письмо из Испании, содержавшее копию Мадридского договора, новые инструкции и приказ королевы сохранять мир с англичанами во всей Испанской Америке. Поскольку нападение Моргана на Панаму являлось грубейшим нарушением условий англо-испанского договора, дон Педро написал адмиралу флибустьеров письмо с предупреждением об ответственности за этот враждебный акт:

«Сеньор генерал Энрике Морган. Прошло много времени с тех пор, как я впервые узнал о кораблях и людях, которые вы начали собирать у острова Ваш для вторжения на берега и в порты Тьерра-Фирме… Я слышал, что когда вы находились на острове Ваш… из Англии прибыл корабль с новостями о мире, подписанном в Мадриде между нашими королевствами 18 июля, — мире, который касается также Индий… Однако вы, публично нарушив верность и послушание, каковые вы должны были соблюдать в отношении его величества вашего короля, отправились со своим флотом… и пришли к острову Сайта-Каталина, который вы разграбили, сделав пленниками губернатора и испанский гарнизон, разрушив его форты и сбросив пушки в море. Оттуда вы перешли к побережью Портобело и крепости Чагрес, которую вы захватили 6 января, убив многих [солдат] из гарнизона, а затем отправились с большей частью вашего войска к городу Панаме, неся всем кровь и огонь, и разбили [войско] президента этого королевства, пытавшегося защититься от вас… У вас нет никаких оснований игнорировать мир, о котором вы узнали заранее, и… вам придется ответить за тот серьезный ущерб, который вы причинили, а также вернуть все, что вы награбили. Мне пришлось написать вам это, приложив копию о мире, чтобы вы могли осознать сие и подумать, что вам следует предпринять. Если вы не сделаете этого, я буду вынужден передать отчет обо всем королю, моему господину».

Неизвестно, получил ли Морган письмо дона Педро. В любом случае он продолжал заниматься тем, ради чего организовал и предпринял свою экспедицию.

Выше уже упоминалось о том, что накануне сражения с войском Моргана президент Панамы приказал сжечь все каботажные суда и лодки, остававшиеся на берегу Панамского залива, однако испанцы не успели выполнить его распоряжение. В Ла-Таске, предместье города, флибустьеры обнаружили барку, которая прибыла из Дарьена с грузом маиса и теперь из-за отлива лежала на берегу. Увидев неприятеля, команда барки попыталась сжечь свое судно, но отряд англичан помешал ей это сделать. До начала прилива флибустьеры разгрузили и переоснастили призовое суденышко, установив на его борту несколько легких пушек.

Проведя в Панаме неделю, сообщает Эксквемелин, Морган «послал отряд в сто пятьдесят человек в крепость Чагре, чтобы в тот же день известить ее гарнизон о счастливой победе. Через город отряд провожали все. Испанцы, стоявшие за городом, заметив их, отошли.

После полудня Морган снова вернулся в город, каждый отряд занял положенное ему помещение, а одна группа пиратов отправилась к руинам сожженных домов, где еще была надежда выудить знатную поживу: серебряную посуду и слитки серебра, которые испанцы бросали в колодцы. На следующий день было снаряжено еще два отряда, каждый по сто пятьдесят человек, чтобы разыскать жителей города, рассеянных по окрестностям. Через два дня пираты вернулись и привели с собой двести пленников — мужчин, женщин и рабов. В тот же день посланная Морганом барка вернулась еще с тремя захваченными барками, однако самый ценный приз — галеон, груженный королевским серебром и драгоценностями самых богатых торговцев Панамы, — был упущен; исчезли и монахи со всеми церковными украшениями, серебром и золотом.