Среди материалов, доставленных в Германию из Тибета, находилась огромная коллекция уникальных растений и зерновых культур. По прибытии они были рассортированы и подробно описаны. В 1943 году Эрнст Шефер в обобщающем докладе ставил задачи для дальнейших опытов с тибетской флорой:

Наши устремления всегда были сопряжены с целью собрать все то, что могло быть полезно для собственного народа. Упоминавшиеся здесь полторы тысячи образцов ячменной культуры, которые по большей части являются результатом примитивной селекции, могут иметь целый ряд очень важных наследственных факторов – например, сопротивляемость засухе или устойчивость к морозам.

Таким образом, Эрнст Шефер понимал Тибет еще и как анклав растительного мира, который идеально приспособился к враждебной высокогорной среде. С точки зрения агрономии скрещивание тибетских культур с европейскими было не просто логичным, но и весьма выгодным занятием. Прививание особых свойств европейским злаковым культурам, по замыслу, должно было сделать их более неприхотливыми и повысить урожайность.

Руководство СС ожидало от Шефера появления морозоустойчивых и быстрорастущих «чудо-сортов» ячменя и пшеницы. Их культивирование позволило бы начать «германизацию» Восточной Европы, которая должна была быть застроена однотипными сельскохозяйственными поселениями. Гиммлер требовал, чтобы скрещивание различных культур позволило немецким крестьянам получать по несколько урожаев в год. Впрочем, дело было не только в колонизации Востока. Рейхсфюрер тешил себя тщеславной мыслью, что под его патронажем будет решена продовольственная проблема Германии, которой сам Адольф Гитлер придавал особое, почти мистическое значение. Именно СС должны были вывести снабжение Третьего рейха зерном на принципиально новый уровень.

Весной 1942 года Генрих Гиммлер отдал Эрнсту Шеферу как начальнику отдела «Аненербе» приказ готовиться к формированию Института сортов диких растений. Однако быстро выяснилось, что осуществить данный проект затруднительно. В те дни на работу «азиатского» отдела Шефера оказывало сильное влияние вышеописанное противостояние с руководством Фонда Фильхнера. Появление нового института грозило не меньшими проблемами, только на этот раз против эсэсовских ученых могли выступить ботаники. После длительных переговоров и консультаций было решено ограничиться организацией специального учреждения, действовавшего при Берлинском обществе кайзера Вильгельма. Новой структурой, которая гордо называлась Институтом изучения растительных культур, руководил профессор ботаники Фриц фон Веттштейн. Гиммлеру пришлось смириться с корректировкой грандиозных планов, поскольку профессор напрямую подчинялся могущественному имперскому министру продовольствия и сельского хозяйства.

Понимая, что вступать в еще один политический конфликт бесперспективно, Эрнст Шефер старался избегать конкурентных ситуаций с ботаниками. В октябре 1942 года он начал переговоры с представителями Имперского министерства сельского хозяйства, Берлинского общества кайзера Вильгельма и нового института, который должен был разместиться в Туттенхофе. Именно тогда ему ясно дали понять, что вместо института он может рассчитывать только на исследовательский отдел диких растительных культур в рамках «Аненербе». Причем упор в предстоящей работе делался опять же на восточные регионы, и приоритет отдавался Кавказу. Как на практике должно было осуществляться планируемое сотрудничество всех этих структур с «Аненербе», остается непонятным. Складывается впечатление, что его попросту не было: Шефер спокойно передал в Туттенхоф образцы собранных им зерновых культур и больше не встречался ни с фон Веттштейном, ни с представителями Министерства сельского хозяйства. Когда в конце ноября 1942 года Главное управление СС объявило, что рейхсфюрер совместно с Берлинским обществом кайзера Вильгельма планирует создать «чрезвычайно важный для всей германской экономики Институт злаковой селекции», имя Шефера даже не фигурировало в списках сотрудников.