Другой проект Эрнста Шефера был связан с коневодством. Еще во время второй экспедиции он очень внимательно изучал живущих на воле лошадей. После начала войны с Советским Союзом тибетологу представилась возможность попробовать себя в роли зоолога-селекционера: нужно было вывести новую породу лошадей, не восприимчивую к суровым русским зимам.

По этой теме сохранилось не очень много материалов. Большинство из них вышло из стен Института военно-научных целевых исследований, созданного при «Аненербе». Некоторые документы были адресованы Главному хозяйственно-экономическому управлению СС, которым командовал Освальд Поль. Одновременно с этим Эрнст Шефер поддерживал контакты с Рудольфом Брандтом, который помогал ему подбирать необходимых ученых и специалистов.

Опыты по селекции предпринимались в 1942–1943 годах. При этом Шефер делал ставку на монгольских лошадей и лошадей Пржевальского. Где осуществлялись работы по селекции, можно установить лишь приблизительно, но известно, что речь шла об оккупированных восточных территориях. В 1944 году, в условиях отступления немецкой армии на запад, Эрнст Шефер принял решение перевести всех лошадей на конезавод в Познани. Оттуда они должны были отправиться в Венгрию, где уже было подготовлено три специальных предприятия.

Еще одним крупным проектом Эрнста Шефера стал фильм, выпущенный по итогам третьей экспедиции. Во время путешествия Эрнст Краузе снимал почти каждый шаг на портативную кинокамеру. Сразу же после возвращения возникла идея создать из отснятых материалов (более 50 часов) документальный фильм, который способствовал бы повышению общественного интереса к Тибету.

Осенью 1939 года киноматериалы были переданы в берлинскую фирму «Тобис Фильм» на проявку и обработку. Шефер был заинтересован в быстром выходе фильма на экраны хотя бы из меркантильно-финансовых соображений, но лента предварительно должна была пройти цензуру.

Всю последующую историю создания фильма можно проследить по переписке, шедшей между Эрнстом Шефером и Рудольфом Брандтом, начальником персонального штаба рейхсфюрера СС. С самого начала им было ясно, что нет возможности сохранить работы над киноматериалами в тайне. В итоге Брандт предупредил Гельмута Шрайбера, возглавлявшего «Тобис Фильм», что не должно быть ни одного официального упоминания о киноленте до тех пор, пока рейхсфюрер СС лично не даст приказ провести премьеру. В тайне должна была сохраняться не только работа Шрайбера: в конце января 1940 года Гиммлер издал директиву, в которой требовал согласовывать с ним лично текст всех публикаций и докладов, посвященных тибетской экспедиции. В итоге во время разработки проекта института Свена Гедина сведения о третьей тибетской экспедиции Эрнста Шефера ограничивались общими декларациями и заявлениями о ее сенсационности. Однако во всех публикациях чувствовался дефицит фактического материала. Кое-где мельком упоминалось, что участники экспедиции планируют подготовить фильм, но ни о дате, ни о приблизительном содержании никто ничего не мог сказать. Шеферу приходилось вести себя очень осторожно, так как его постоянно приглашали на различные радиопередачи, предлагали дать интервью, просили написать статью или прочитать доклад. После консультаций с Гиммлером тибетолог почти во всех этих случаях отказывался от всех заманчивых предложений.

Понятно, что такой запрет больно ударял по самолюбию ученого. Так, например, Брюссельское энциклопедическое общество весной 1940 года пригласило Эрнста Шефера сделать доклад о прошедшей экспедиции и запланированных на будущее исследованиях. Шефер тут же проинформировал рейхсфюрера СС о поступившем предложении. Несмотря на то, что не было официального запрета на чтение докладов за рубежом, Гиммлер попросил исследователя сказаться больным и вежливо отклонить приглашение. В итоге Рудольф Брандт передал в Брюссель следующую информацию:

К великому сожалению, в настоящее время д-р Шефер страдает тяжелой болезнью глаз, для лечения которой он направлен в мюнхенскую клинику.