Между тем правительство следит за реакцией на публикацию этого смелого произведения. За дело берется министерство внутренних дел. Тщательно изучается текст романа. В нем находят многочисленные «оскорбления общественной морали». Ответственность несут, разумеется, автор, редактор и типограф. Чувствуя приближение бури, Флобер не отступает, негодуя от возмущения. Его намеренный уход от мира не мешает ему при случае показать бойцовские качества характера. Оставив свое теплое гнездышко, он оказывает сопротивление с негодованием оскорбленной невинности. «Мое дело – дело политическое, ибо хотят во что бы то ни стало закрыть „Ревю де Пари“, которая раздражает власти, – пишет он 1 января 1857 года брату Ашилю. – Ее уже предупреждали дважды. Третье нарушение – за оскорбление религии – очень удобный повод для его упразднения. Меня упрекают в основном за соборование, которое списано с „Парижского ритуала“. Только эти добрейшие представители власти столь глупы, что решительно не знают той религии, защитниками которой провозглашают себя. Мой судья, господин Трейар, еврей, он-то меня и преследует! Чудовищно… Я буду на этой неделе главным козырем, все высшие сквалыги рвут друг у друга „Бовари“, желая найти в ней непристойности, которых там нет».

Забыв о своих принципах гордого самоустранения от дел и презрения к представителям власти, он идет к министру народного образования и шефу полиции. «Они думали напасть на бедного малого, а как только увидели, что у меня есть опора, начали прозревать, – пишет он своему брату два дня спустя. – В министерстве внутренних дел следовало бы знать, что мы в Руане живем семьей, т. е. глубоко укоренились там, и что, нападая на меня в особенности за безнравственность, они оскорбят очень многих. Ожидаю большого впечатления от письма префекта к министру внутренних дел». Он настолько уверен, что судьи, проинформированные надлежащим образом, откажутся от преследований, что почти рад скандалу, который поднялся вокруг его романа. Недавно еще он не решался публиковать его, а сегодня испытывает гордость за то, что о нем говорит столько людей. Вдохновленный, он доверительно пишет Ашилю: «Будь уверен, дорогой брат, что ко мне теперь в любом случае относятся как к „персоне“. Если я выпутаюсь (что кажется мне очень вероятным), моя книга пойдет… Как бы там ни было! Ухаживай за префектом и не прекращай до тех пор, пока я не скажу». И подсказывает брату даже ход сугубо политического характера: «Постарайся осторожно намекнуть, что нападение на меня, нападение на нас может представлять определенную опасность для предстоящих выборов». И уточняет: «Единственное, что может оказать влияние, – имя нашего отца и боязнь того, что осуждение меня определит отношение руанцев на предстоящих выборах. В министерстве внутренних дел начинают раскаиваться, что необдуманно напали на меня. Остановить их можно, только показав политические последствия дела». Он ищет поддержки не только в Руане. Равно в Париже, где живет с середины октября, он призывает на помощь влиятельных друзей. Принцесса де Бово, «завзятая боваристка», дважды защищала писателя перед императрицей.