Однако казанский хан хотел по-прежнему чувствовать себя хозяином на Руси. Он направил войско в двух направлениях. На северном направлении татары дошли до р. Юга и взяли Кичменгский Городок. Они оккупировали две костромские волости. Часть войска хан направил в нижегородско-южном направлении. Здесь татары встретили русские формирования, которые полностью разгромили их. Предводитель татарского войска мурза Ходжа-Берды был взят в плен.

Русское войско постепенно училось наступать. Воинский отряд ладей по Вятке, а затем по Каме проник в тыл неприятеля. Здесь русские поступали так, как поступали татары на русских землях. Но в конце концов туда были посланы татарские отряды, которые взяли столицу Вятского края город Хлынов и затем присоединили эту территорию к Казанскому ханству. Но русские продолжали освободительную войну. Один воинский отряд был направлен на Казань через Новгород. Одновременно на Казань должны были наступать отряды с южного направления. Планировалось, что оба отряда ударят по неприятелю одновременно. Однако скоординировать такую операцию было сложно. Южный отряд был разбит до подхода к Казани. Северный отряд взял в осаду Казанский кремль. Но силы были неравные и им пришлось отступить.

Иван III собрал и доукомплектовал участвующие в операции отряды и направил их на штурм Казани. Однако ситуация на западных границах Руси изменилась не в лучшую сторону. Поэтому Иван III был вынужден принять предложение казанского хана начать мирные переговоры. Так был заключен мирный договор, по которому татары были обязаны освободить русских пленников, захваченных за последнее десятилетие. Договор был заключен 1469 году. Он продержался до февраля 1478 года.

Иван III за период с 1471 по 1478 год победил Новгородскую республику и присоединил ее к Московскому государству. Присоединил он и все колонии Великого Новгорода. Такой колонией была и Вятка, которую оккупировали казанские татары. Иван III требовал ее возвращения.

Время работало на русских. В боях с литовцами, татарами и др. закалялась армия. Численность армии достигла 150 тысяч человек.

В 1479 году умер казанский хан Ибрагим. Началась борьба за власть. Партия феодальной татарской верхушки, тяготевшая к Ногайской Орде, хотела видеть на ханском престоле царевича, сына Фатимы (жены Ибрагима) Али. Другая партия (прорусская) хотела сделать ханом Мухаммеда-Эмина, сына второй жены Ибрагима Нур-Султан. Сама Нур-Султан к тому времени стала женой крымского хана Менгли-Гирея. Самому Мухаммед-эмину было всего 10 лет. Его отправили в эмиграцию в Россию, где его благосклонно принял Иван III и позаботился о нем: дал ему в кормление и управление город Каширу. Это был личный удел царевича. Казанским ханом стал Али.

В 1484 году хан Али был низложен и на престол вступил Мухаммед-Эмин. Ему было 16 лет. Но он не справился со своей задачей, и ханом вновь стал Али. Как ни странно, Иван III старался стабилизировать положение в Казанском ханстве.

Но Иван III нисколько не забывал о главной государственной задаче – вернуть государству занятые русские земли. В 1487 году началось наступление русских войск на Казань. Казань была взята, хан и его семья пленены. Хана Али вместе с его женами отправили в ссылку в Вологду. Его мать Фатима и ее дети были сосланы в Белозерье, в городок Карголом.

Иван III не ликвидировал казанское ханство. Ханом был поставлен Мухаммед-Эмин. Но со средины 1487 года Москва перестала платить дань Казанскому ханству. Ногайская Орда и сибирское ханство готовы были рассматривать действия русских как агрессию, совершенно позабыв, как родилось Казанское ханство.