В период с 1487 по 1521 год Казанское ханство находилось под протекторатом России. Это значит, что Казань не должна была воевать против России. Выбор ханов на казанский престол должен был быть согласован с Россией. Казанские власти обязывались обеспечивать безопасность и неприкосновенность имущества русских купцов, а также безопасность всех русских подданных, которые проживали на территории Казанского ханства.

В 1495 году настроенная против России «восточная партия» вызвала в Казань войско сибирского царевича Мамука с тем, чтобы захватить власть, свергнув с престола хана Мухаммед-Эмина. В ответ на такое известие Иван III послал в Казань войско из Нижнего Новгорода. Но мятежники бежали из Казани и притормозили Мамука. Когда русские отряды вернулись из Казани, никого из мятежников там не обнаружив, Мамук со своим войском взял Казань и стал ханом Казанского ханства. Свергнутый хан Мухаммед-Эмин бежал в Москву.

Однако очень быстро новый хан в Казани и лидер «восточной партии» Кель-Ахмед не поладили. Хан был изгнан из Казани, а Кель-Ахмед обратился с извинениями к Ивану III. Была восстановлена прежняя власть, но ханом стал не Мухаммед-Эмин, а его брат Абдул-Лафит. Об этом просил Кель-Ахмед.

Однако попытки отдать Казанское ханство сибирякам на этом не прекратились. Казанский князь Урак призвал сибирских татар совершить в Казани переворот в пользу брата хана Мамука царевича Агалака. Но нападение сибирских татар было успешно отражено.

Лидер «восточной партии» князь Кель-Ахмед, по просьбе которого на ханский престол был посажен Абдул-Лафит, пожаловался Москве, что хан ведет антимосковскую политику. Поэтому он был низложен и отправлен в ссылку в г. Белоозеро. Ханом Казанского ханства вновь стал Мухаммед-Эмин.

Но Мухаммед-Эмин решил выйти из-под протектората Московского государства. Он в течение 1502 – 1505 годов готовился к войне с Россией. Историки пишут, что эта подготовка велась тайно. Трудно понять, как в течение трех лет можно было тайно создавать сильную армию и готовиться к войне. Сыграли, конечно, роль новые условия в России, и прежде всего старость Ивана III. В такой ситуации русские князья не думали о государстве, а заботились только о своих личных выгодах, полагая, что сильное, суверенное государство им не нужно. В очередной раз они забыли, что только в сильном государстве хорошо могут жить и князья и простой народ. Цель казанского хана была не только в том, чтобы стать самостоятельным, но и в том, как бы побольше заработать на продаже русских пленных в рабство. Так казанские правители понимали свои экономические приоритеты.

Войну татары начали как обычно: они перебили в Казани во время ежегодной Волжской ярмарки всех русских купцов, а их товарами завладели. Десятки тысяч русских мирных жителей (в том числе и послы) были объявлены пленниками. Казанское войско вместе с 20-тысячным войском Ногайской Орды направилось на Нижний Новгород. Но взять кремль в Нижнем Новгороде татары не смогли, хотя их было не менее 60 тысяч. Предводитель войска ногайский князь был убит, и всё войско вернулось в Казань. Обороной Нижнего Новгорода руководил воевода Иван Васильевич Хабар-Симский. Татары были выброшены за пределы Московского государства.

В 1505 году умер Иван III. Новый великий князь Василий IV предпринял попытку похода на Казань. Но она оказалась неудачной. В 1507 году был подписан мирный договор между Москвой и Казанью. По договору устанавливался «мир по старине и дружбе, как было с великим князем Иваном Васильевичем» (т. е. при Иване III).

Василий IV хорошо знал вероломство татар. Он предпринял меры по укреплению обороноспособности страны. В Нижнем Новгороде была сооружена новая каменная крепость на современном уровне фортификационных достижений XVI века.