В Багдад Саддам вернулся после переворота, совершенного партией БААС в феврале 1963 года. Первая ступень служебной лестницы — начальник службы порядка баасистской партии. В этом качестве Саддам впервые совершил массовые репрессии.

Вскоре партия БААС потеряла власть, и новый режим счел Саддама опасным для себя. Он провел два года в тюрьме, вышел на свободу и принял участие в очередном государственном перевороте, совершенном партией БААС в 1968 году. Как следует из официальной биографии, он среди первых «въехал на танке во двор президентского дворца».

Огромные доходы от экспорта нефти позволили осуществить масштабные реформы в области экономики и в социальной сфере. К середине 1970-х годов Саддам всячески стимулировал предпринимателей и все больше привлекал частные компании, местные и зарубежные, к государственным программам развития. По всей стране шло строительство университетов и школ, автострад и электростанций, водопроводов и систем канализации, малых и больших домов. Открывались многопрофильные и специализированные больницы. Была создана система всеобщего образования и здравоохранения. Под руководством Саддама началась интенсивная кампания по борьбе с безграмотностью. Результатом курировавшейся Саддамом кампании по борьбе с безграмотностью стало увеличение уровня грамотности населения с 30 до 70 процентов, по этому показателю Ирак вышел в лидеры среди арабских стран. Проводится электрификация, значительно увеличилась сеть автомобильных дорог. Уровень жизни в Ираке стал одним из самых высоких на Ближнем Востоке. Ирак создал одну из самых современных систем здравоохранения на Ближнем Востоке.

После национализации иностранных нефтяных промыслов, Саддам приступил к модернизации сельской местности, начав механизацию сельского хозяйства в крупных масштабах, а также выделив земли крестьянам. По оценкам международных банков и иных финансовых учреждений (МБРР, МВФ, Дойче банка и других), у Ирака образовался весьма крупный валютный резерв в 30–35 млрд. долл.

К началу 1980-х Ирак стал, наряду с Египтом, наиболее развитым государством арабского мира.

Саддам Хусейн, между тем, укреплял свою власть, продвигая на ключевые роли в правительстве и бизнесе родственников и союзников. Устранив в 1976 году самых влиятельных в армии баасистов — генерала Хардана ат-Тикрити (во время зарубежной поездки ему сообщили что он снят со всех постов. В Ирак он не вернулся и вскоре был убит в Кувейте неизвестными) и полковника Салиха Махди Аммаша (назначен послом в Финляндию), Хусейн принялся за тотальную «баасизацию» страны — идеологическую и административную. Саддам начал с госаппарата, срастив его с партийным. Произошла «чистка» в армии: все нелояльные к режиму офицеры увольнялись либо отправлялись служить в Курдистан, а в военные академии и колледжи стали приниматься только члены партии. Функционеры «Джихаз ханина» уничтожили все независимые фракции и группировки внутри самой «Баас». «Баасизация» армии, по замыслу Хусейна, имела целью создания «идеологической армии», нацеленной на защиту власти партии. С помощью секретной службы Хусейну удалось справиться с противостоящими ему в партии и правительстве силовиками, расставить на ключевые места верных людей (преимущественно из родственного тикритского клана) и установить контроль над важнейшими рычагами управления государством.

16 июля 1979 года президент аль-Бакр ушёл в отставку, якобы по болезни (утверждали, что он посажен под домашний арест). Его преемником был объявлен Саддам Хусейн, который также возглавил региональное руководство партии «Баас».