После прихода к власти Саддам Хусейн сразу же столкнулся с серьёзной угрозой своему правлению, исходившей от соседнего Ирана. Аятолла Хомейни, лидер победившей в Иране исламской революции, собирался распространить её на другие страны Персидского залива; кроме того, он имел личную неприязнь к Саддаму Хусейну. Иран начал оказывать поддержку подпольной шиитской группировке «Ад-Даава аль-исламия», развернувшей кампанию покушений и террористических акций против представителей руководства Ирака.

Предлогом для начала войны стало невыполнение Ираном своих обязательств по Алжирскому соглашению 1975 года, согласно которому Иран должен был передать Ираку некоторые приграничные территории. После ряда столкновений на границе 22 сентября 1980 года иракская армия вторглась на территорию соседней страны. Наступление поначалу оказалось успешным, но в результате мобилизации иранского общества на борьбу с агрессором, к концу осени оно было остановлено. В 1982 году иракские войска были выбиты с иранской территории, и боевые действия перенеслись уже на территорию Ирака. Война перешла в затяжную стадию, сопровождавшаяся использованием Ираком и Ираном химического оружия, ракетными обстрелами городов и нападениями на танкеры третьих стран в Персидском заливе обеими сторонами. В августе 1988 года ирано-иракская война, стоившая обеим сторонам огромных людских и материальных жертв, прекратилась фактически на условиях status quo.

Личная популярность Саддама достигла своего пика к началу арабского совещания в верхах в Багдаде в мае 1990 года, где он призвал его участников к созданию единого фронта против агрессии Запада, подчеркнув важность повышения координации действий арабов. Однако вместо создания объединённого фронта во главе с Багдадом на совещании появились признаки того, что другие арабские правительства готовы бросить вызов претензиям Саддама на лидерство. Президент Египта Хосни Мубарак не разделил этот призыв, заявив, что «арабская миссия должна быть гуманной, логичной и реалистичной, свободной от преувеличения своей роли и запугивания».

В результате войны с Ираном иракской экономике был нанесён значительный ущерб. За восемь лет боевых действий образовалась внешняя задолженность, оценивавшаяся примерно в 80 млрд. долларов. У страны не было возможности её погасить; наоборот, требовались дополнительные финансовые поступления для восстановления промышленности.

В июле 1990 года Ирак обвинил соседний Кувейт в ведении экономической войны против него и в незаконной добыче нефти на иракской стороне пограничного нефтяного месторождения Румейла. Действительно, Кувейт уже некоторое время превышал установленные для него квоты ОПЕК на добычу нефти. Однако каких-либо свидетельств того, что Кувейт выкачивал нефть с иракской территории, нет. Кувейтская сторона не поспешила выделить Ираку требуемую им компенсацию (2,4 млрд долларов). 2 августа 1990 года иракская армия вторглась в Кувейт и оккупировала его. 8 августа было объявлено об аннексии страны, ставшей 19-й провинцией Ирака под названием «Аль-Саддамия».

Агрессия против Кувейта вызвала единодушное осуждение мирового сообщества. На Ирак были наложены санкции, и по мандату ООН была создана международная коалиция, ведущую роль в которой играли США, пользовавшиеся поддержкой всех стран НАТО и умеренных арабских режимов. Сосредоточив в Индийском океане и Персидском заливе мощную военную группировку, США и их союзники провели операцию «Буря в пустыне», разгромив иракские войска и освободив Кувейт (17 января — 28 февраля 1991).