После успокоения Греции Александр обратился к северу, быстрыми, искусными движениями оттеснил фракийцев до Дуная и покорил иллирийские племена. В Иллирии был он ранен ударом палицы в шею и камнем в голову. Все преувеличивающая молва распространила в Греции слух, будто Александр лишился жизни, и тотчас возникли в ней новые волнения. Фивы прежде всех других городов взялись за оружие, чтобы изгнать из крепости македонский гарнизон. Но прежде чем остальные эллины успели собраться, Александр усиленными маршами приблизился уже из Иллирии к Фивам. Фиванцы узнали о его приближении только тогда, когда мнимо погибший стоял уже перед самым городом. Он предложил им мировую сделку, но враждебно настроенная толпа, возбужденная и ослепленная демократическими вожатаями, отвергла всякие предложения. Вследствие этого город был взят приступом и по определению союзников, которым Александр предоставил решение этого дела, разрушен. При взятии города погибло 6000 фиванцев, остальные с женами и детьми, в числе 30000, были распроданы в неволю и рассеяны по всему свету. Только жрецы и жрицы, друзья македонян, да потомки умершего в 442 году поэта Пиндара получили свободу. Дом Пиндара был также пощажен при всеобщем разрушении, по повелению Александра. Таким образом Фивы, которые еще так не давно пользовались гегемонией над всей Грецией, обратились в кучу развалин, при которой в крепости поставлена была македонская стража. Участь несчастного города распространила между греками такой ужас, что внезапно затихли все порывы к свободе. В течение одного года, до осени 335 года, Александр победоносно преодолел все опасности, грозившие ему при вступлении на престол, и мог теперь, без опасения за тыл свой, предпринять поход в Азию.

Весной 334 года выступил Александр с войском против персов. Антипатр был назначен на время его отсутствия правителем Македонии и Греции, и ему оставлено было войско в 12000 пехоты и 1500 всадников. Александр взял с собой около 30000 человек и 5000 конницы и направился к Систу на Геллеспонте, где ожидал его македонский флот для переправы в Азию. Войско его было малочисленно в сравнении с огромными полчищами и богатыми средствами персидского царства, которое было почти в 50 раз обширнее царства Александра. Но доказательством того, как слабо и в каком упадке было Азиатское царство, служит за полстолетие перед тем совершенное отступление 10000 греков, которые, под предводительством Ксенофонта, из сердца чуждого государства, невредимо возвратились в отечество. Тогда уже ясно было видно, что может сделать усовершенствованное воинское искусство греков против грубых масс персон. Войско Александра было составлено так превосходно, что до тех пор не было видано ничего подобного; оно было исполнено мужества, желания сразиться с неприятелем и гордых воспоминаний о прежних победах, к тому же воодушевлено юным царем-героем, своим предводителем. Такое войско могло с радостной уверенностью вступить в пределы Азии и испытать свои силы против бесчисленных масс приходившего уже в разрушение царства варваров, где восседал на троне добрый, но слабый и невоинственный царь, Дарий Кодоман.

Около 200 военных и множество ластовых судов перевезли войско на противоположный троянский берег, в ахейскую гавань, где когда-то стояли корабли Агамемнона и возвышались надгробные холмы Аякса, Ахиллеса и Патрокла.