Холмский, Псковитяне и сам Иоанн готовились с разных сторон обступить Новгород, чтобы совершить последний удар: не много времени оставалось для размышления. Сановники, граждане единодушно предложили нареченному Архиепископу Феофилу быть ходатаем мира. Сей разумный Инок со многими Посадниками, Тысячскими и людьми Житыми всех пяти Концов отправился на судах озером Ильменем к устью Шелони, в стан Московский. Не смея вдруг явиться Государю, они пошли к его Вельможам и просили их заступления: Вельможи просили Иоанновых братьев, а братья самого Иоанна. Чрез несколько дней он дозволил Послам стать пред лицом своим. Феофил вместе со многими духовными особами и знатнейшие чиновники Новогородские, вступив в шатер Великокняжеский, пали ниц, безмолвствовали, проливали слезы. Иоанн, окруженный сонмом Бояр, имел вид грозный и суровый. «Господин, Князь Великий! — сказал Феофил: — утоли гнев свой, утиши ярость; пощади нас, преступников, не для моления нашего, но для своего милосердия! Угаси огнь, палящий страну Новогородскую; удержи меч, лиющий кровь ее жителей!» Иоанн взял с собою из Москвы одного ученого в летописях Дьяка, именем Стефана Бородатого, коему надлежало исчислить перед Новогородскими Послами все древние их измены; но Послы не хотели оправдываться и требовали единственно милосердия. Тут братья и Воеводы Иоанновы ударили челом за народ виновный; молили долго, неотступно [11 августа]. Наконец Государь изрек слово великодушного прощения, следуя, как уверяют Летописцы, внушениям Христианского человеколюбия и совету Митрополита Филиппа помиловать Новогородцев, если они раскаются; но мы видим здесь действие личного характера, осторожной политики, умеренности сего Властителя, коего правилом было: не отвергать хорошего для лучшего , не совсем верного.

Новогородцы за вину свою обещали внести в казну Великокняжескую 15500 рублей или около осьмидесяти пуд серебра, в разные сроки, от 8 сентября до Пасхи: возвратили Иоанну прилежащие к Вологде земли, берега Пинеги, Мезены, Немьюги, Выи, Поганой Суры, Пильи горы, места, уступленные Василию Темному, но после отнятые ими; обязались в назначенные времена платить Государям Московским черную , или народную, дань, также и Митрополиту судную пошлину; клялися ставить своих Архиепископов только в Москве, у гроба Св. Петра Чудотворца, в Дому Богоматери; не иметь никакого сношения с Королем Польским, ни с Литвою; не принимать к себе тамошних Князей и врагов Иоанновых; Князя Можайского, сыновей Шемяки и Василия Ярославпча Боровского; отменили так называемые Вечевые грамоты; признали верховную судебную власть Государя Московского, в случае несогласия его Наместников с Новогородскими сановниками; обещались не издавать впредь судных грамот без утверждения и печати Великого Князя, и проч. Возвращая им Торжок и новые свои завоевания в Двинской земле, Иоанн по обычаю целовал крест, в уверение, что будет править Новымгородом согласно с древними уставами оного, без всякого насилия. Сии взаимные условия или обязательства изображены в шести тогда написанных грамотах, от 9 и 11 Августа, в коих юный сын Иоаннов именуется также, подобно отцу, Великим Князем всей России.