Так повествует Св. Иосиф, основатель и начальник монастыря Волоколамского, Историк, может быть, не совсем беспристрастный: по крайней мере смелый, неустрашимый противник ереси: ибо он еще во времена Зосимина Первосвятительства дерзал обличать ее, как то видим из письма его к Суздальскому Епископу Нифонту. «Сокрылись от нас, — пишет Иосиф, — отлетели ко Христу древние орлы Веры, Святители добродетельные, коих глас возвещал истину в саду Церкви и которые истерзали бы когтями всякое око, неправо зрящее на божественность Спасителя. Ныне шипит тамо змий пагубный, изрыгая хулу на Господа и Его матерь». Он заклинает Нифонта очистить Церковь от неслыханного дотоле соблазна, открыть глаза Государю, свергнуть Зосиму: что и совершилось. Уверился ли Великий Князь в расколе Митрополита, неизвестно; но в 1494 году, без суда и без шума, велел ему как бы добровольно удалиться в Симонов, а оттуда в Троицкий монастырь за то, как сказано в летописи, что сей Первосвятитель не радел о Церкви и любил вино. Благоразумный Иоанн не хотел, может быть, соблазнить Россиян всенародным осуждением Архипастыря, им избранного, и для того не огласил его действительной вины.

Преемник Зосимы в Митрополии был Игумен Троицкий, Симон. Здесь летописцы сообщают нам некоторые весьма любопытные обстоятельства. Когда Владыки Российские в Великокняжеской Думе нарекли Симона достойным Первосвятительства, Государь пошел с ним из дворца в церковь Успения, провождаемый сыновьями, внуком, Епископами, всеми Боярами и Дьяками. Поклонились иконам и гробам Святительским; пели, читали молитвы и тропари. Иоанн взял будущего Архипастыря за руку и, выходя из церкви, в западных дверях предал Епископам, которые отвели его в дом Митрополитов. Там, отпустив их с благословением, сей скромный муж обедал с Иноками Троицкого монастыря, с своими Боярами и Детьми Боярскими. В день посвящения он ехал на осляти , коего вел знатный сановник Михайло Русалка. Совершились обряды, и новый Митрополит должен был идти на свое место. Вдруг священнодействие остановилось; пение умолкло: взоры Духовенства и Вельмож устремились на Иоанна. Государь выступил и громогласно сказал Митрополиту: «Всемогущая и Животворящая Святая Троица, дарующая нам Государство всея Руси, подает тебе сей великий престол Архиерейства руковозложением Архиепископов и Епископов нашего Царства. Восприими жезл Пастырства; взыди на седалище старейшинства во имя Господа Иисуса; моли Бога о нас — и да подаст тебе Господь здравие со многоденством». Тут хор певчих возгласил Исполлаэти Деспота . Митрополит ответствовал: «Всемогущая и вседержащая десница вышнего да сохранит мирно твое Богопоставленное Царство, Самодержавный Владыко! Да будет оно многолетно и победительно со всеми повинующимися тебе Христолюбивыми воинствами и народами! Во вся дни живота твоего будя здрав, творя добро, о Государь Самодержавный!» Певчие возгласили Иоанну многолетие. — Великие Князья всегда располагали Митрополиею, и нет примера в нашей Истории, чтобы власть духовная спорила с ними о сем важном праве; но Иоанн хотел утвердить оное священным обрядом: сам указал Митрополиту престол и торжественно действовал в храме: чего мы доселе не видали.