Их единая земля делилась на западную и восточную, первая была несколько более цивилизованной, вторая более отсталой. Но и та и другая дробились на множество феодальных владений, во главе которых стояли совсем уже не чингисиды, а выбившиеся в лучшие люди воины. Некоторые носили царское имя «тайджи», но реально никто из них не имел настоящей великоханской крови. Западная часть Монголии была населена ойратами и дробилась на множество мелких владений и четыре крупных княжества, земля халха-монголов — еще на семь владений, а в южной Монголии было и вовсе 49 княжеств — крошечные территории, подчиненные своим кочевым феодалам. Только эти многочисленные ханы и жили более или менее приятной жизнью: на них точно рабы трудились рядовые монголы, которых называли араты. Они, как и века назад, платили продуктами дань, работали на своих хозяев, собирали дары для своих ханов, когда те собирались отправиться к более высокому по рангу господину, вооружали и одевали владыку, платили за него штрафы, сражались за него и погибали, несли все расходы по содержанию дорог и почтовых станций, кормили проезжую знать всех мастей и снабжали ее лошадьми. Прежний имперский народ жил в беспросветном раннесредневековом рабстве, а часы в Европе уже отсчитывали новое время.

Внук Даян-хана, Алтан-хан (в переводе Золотой хан), пытался приобщить свой народ хотя бы к началам цивилизации: он стремился посадить монголов на землю и сделать из них крестьян, он хотел научить монголов ремеслам, для чего привозил из Китая соответствующих специалистов, он даже начал строить в своих владениях настоящий город! Город назвал он Куку-хото. Из того же Китая он стал ввозить нужные монголам товары, а в Китай на экспорт шли лошади, выносливые монгольские лошади. На четырех рынках торговали монголы и китайцы: товарооборот был огромный для тогдашней Монголии — 28 тысяч лошадей за две недели, а уж овец и продукты животноводства никто и не считал.

При Алтан-хане принята была и новая вера, чтобы она сплотила людей, — вера эта называлась ламаизм и была взята с соседнего Тибета. Хан строил монастыри, вербовал среди своих аратов желающих стать ламами, обещая полное освобождение от тягот и поборов. Араты шли. В ламах можно было забыть о постоянном голоде и нищете. Северный сосед Алтан-хана Абатай-хан посетил Тибет и получил там титул Тутету-хана. Видимо, он думал создать что-то вроде тибетского теократического государства. Это не получилось ни у Алтан-хана, ни у Абатай-хана, ни у потомков последнего. Однако его внук был определен тибетским далай-ламой как воплощение Джебдзун-Даранаты, буддистского святого. Под его рукой была создана единая ламаистская церковь Монголии.

Но скоро, к концу XVI века, исчезло единство земли. Южная Монголия подверглась завоеванию маньчжурскими войсками. Потомки Даян-хана пытались противостоять вторжению, они даже пошли на союз с китайской династией Мин, но были разбиты. Хан Лигдан, правнук Даяна, понимая, что все потеряно, убил себя, а его сын — был схвачен и убит маньчжурцами. Земли Южной Монголии попали под власть чужеземцев. Чужеземцы назвали их внутренней Монголией. Они собрали съезд монгольских князей и назначили им в ханы не монгола, а маньчжура.

Перепуганные князья севера и запада тут же забыли ссоры и стали объединяться, но этот счастливый и своевременный процесс далеко не зашел. Маньчжуры засылали в их ряды провокаторов, которые передавали слухи об изменах и клевете, и таким образом они умудрились очень быстро перессорить пока еще независимых князей, живущих по ту сторону Гоби. Между ними начались усобицы. А следом, выждав удобный момент, пришли маньчжуры.

Им потребовалось не слишком много времени, чтобы завоевать север и запад. Новую землю они назвали Внешней Монголией. Маньчжурцы были сильны: к тому времени они подчинили и Китай, уничтожив династию Мин и положив начало маньчжурской династии Цин.