В 1646 г . Никон приехал в Москву. Шесть лет спустя, после смерти Иосифа, он стал патриархом Московским и всея Руси. Алексей Михайлович, возложивший надежды на сильного духом и телом Никона, поручил ему проведение реформы в церкви, которая, как он не без основания полагал, не всем придется по нраву.

Никон быстро забыл своих друзей из кружка ревнителей, их, и свое в том числе, недоверие к ученым грекам и киевлянам и перешел на грекофильские позиции. Спустя полгода с небольшим новый патриарх разослал память по всем церквам: отныне земные поклоны заменить поясными, а двоеперстие — троеперстием.

Тем временем ученые богословы заново перевели с греческого богослужебные книги. От старых книг, по которым служили в середине века, они отличались немногими уточнениями, исправлениями. Например, вместо «певцы» в новых стояло слово «песнопевцы», «вечного» — «бесконечного», «молюся» — «прошу» и так далее. Ничего существенного новые книги, которые по повелению Никона отпечатали и рассылали по церквам, не вносили; основы православия, догматы религии остались неприкосновенными.

С отступлениями от обрядов тоже оказалось не так, как думали ревнители благочестия: они исходили не от русской, а от греческой церкви.

Проведение реформы началось, и Никон вложил в это свои недюжинные способности, железную волю, фанатизм, нетерпимость к инакомыслящим. Но столкнулся с противником, равным себе. Против него выступили бывшие соратники и друзья по кружку ревнителей «древлего благочестия». Возглавил их протопоп Аввакум, во всем похожий на Никона, — человек страстный и горячий, фанатичный и нетерпимый. Ревнители пишут царю, возражая против реформы. Но их не слушают. Свои проповеди и призывы сохранить «древлее благочестие» они обращают к широким слоям верующих столицы, а потом и других городов, уездов.

Аввакум, глава ревнителей, яростно спорит с Никоном, обличает во весь голос его сторонников — никониан.

Никон, столь же неуживчивый, непреклонный и беспощадный, в отличие от Аввакума, получил власть. Да и какую! Необъятную! Не довольствуясь положением духовного владыки, что давало ему в руки почти неограниченные возможности по духовному ведомству, он властно вмешивался в дела мирские: во время отлучек царя возглавлял все правительственные дела, указывал боярам, игнорировал и оскорблял их. Собор, им созванный (1654), одобрил реформу, но с условием: привести нынешние обряды в соответствие с древней церковной практикой, греческой и русской.

Сторону ревнителей принимали многие знатные и богатые бояре, церковные иерархи, крестьяне и посадские люди. Первые опасались крайнего усиления власти царя и патриарха, ущемления своих прав и привилегий. Вторые видели в ревнителях людей, протестующих против власть имущих, от которых шло угнетение простого народа, социальных низов; под «религиозной оболочкой» здесь, как это нередко бывало, скрывался антифеодальный протест, выражались оппозиционные настроения.

Одно время надеялись, что их поддержит Алексей Михайлович. Он поначалу стоял в стороне от реформы, проводимой Никоном. Но сочувствовал ей, поддерживал патриарха, и Аввакум в нем разочаровался, перестал считать «благочестивейшим и православнейшим» царем. С монархом разошелся во взглядах и патриарх Никон. Непомерные гордость и властолюбие столкнули его не только с вельможами, светскими и духовными, которыми он помыкал, но и с царем. Он всю жизнь был убежден, что духовная власть, священство выше светской власти, царства: «Яко же месяц емлет себе свет от солнца, такожде и царь поемлет посвящение, помазание и венчание от архиереа».