После кончины брата-царя и майского восстания в Москве Софья возглавила придворную партию Милославских и их сторонников, пришедших к власти. Она направляла действия нового правительства, которое возглавил князь ВВ. Голицын. Умело, последовательно она овладела положением в столице; с помощью дворянского войска, собранного вокруг Москвы, заставила осенью того же года восставших капитулировать.

Софья и ее правительство продолжали политику предшественников. Они организовали два похода на Крым (1687, 1689), нанесли несколько поражений ханским войскам. Были ослаблены позиции Турции, которая вела военные действия против союзников России по антитурецкой «Священной лиге» — Австрии, Польши, Венеции. С Речью Посполитой заключили «Вечный мир» (1686), окончательно закрепивший за Москвой Левобережную Украину и Киев. Переговоры с Китаем по поводу спорных земель в Приамурье завершились заключением (уже после падения Софьи) Нерчинского договора (1689).

Во внутренней политике проводились мероприятия по увеличению землевладения, прав и привилегий дворян, усилению крепостного права (сыск беглых), преследованию раскольников.

В августе 1689 г . правительство Софьи пало. Петр I заключил ее в келью Новодевичьего монастыря. Девять лет спустя восставшие московские стрельцы прочили ее, в случае успеха своего дела, в правительницы государства. Разгром восстания, последовавший за ним «стрелецкий розыск» означали для Софьи еще большее ухудшение ее и без того тяжелого положения — ее постригли в монахини под именем Сусанны в том же монастыре, в котором она жила до своей кончины (3 июля 1704 г .). В далекой ссылке оказался Голицын. Выдающийся государственный деятель, реформатор, один из предшественников Петра I, он оказался во враждебном ему лагере.

Родился Голицын в 1643 г ., происходил из рода Гедиминовичей, потомков великого князя литовского Гедиминаса. перешедших на русскую службу в конце XIV в. В детстве и юности князь получил хорошее образование — от домашних учителей познал не только чтение и письмо, но и «свободные мудрости»; он был человеком книжным, начитанным в богословии, истории, философии, астрономии, медицине. Читал и свободно говорил по-гречески и на латыни, польском и немецком языках. Князь собрал большую библиотеку. С 1658 г . началась его служба при дворе — как стольника царя Алексея Михайловича. Как и ряд других деятелей, его современников, князь был сторонником контактов с иноземной культурой, ее представителями внутри страны и за рубежом, преобразований в самой России.

С воцарением Федора Алексеевича (январь 1676 г .) начинается его возвышение. Он становится боярином, исполняет чрезвычайные поручения правительства на Украине, способствует смещению П.Д. Дорошенко, гетмана Правобережья, сторонника Турции, и занятию Чигирина — его ставки. Во время русско-турецкой войны 1677—1678 гг. возглавляет корпус в составе армии Г.Г. Ромодановского, ведшей бои за Чигирин. По возвращении из второго Чигиринского похода князь возглавляет Владимирский судный приказ. Он вынашивает замыслы реформ; его идеи — справедливое налогообложение крестьян, регулярная армия, прежде всего из дворян, правый суд. В стране провели общее описание земель, дворов (1678—1679), налоговую реформу (1679—1681), военно-окружную реформу (1680) — к пограничным округам-разрядам добавили еще несколько. Снизили численность дворянского ополчения с 37,5 тыс. (1651) до 16 тыс.; полков же нового строя увеличили (до 80% численности русской армии): рейтар — с 1,5 до 30,5 тыс.; солдат насчитывалось 61 тыс. Стрельцов стало 55 тыс. Проводятся другие реформы — в армии ввели ротную систему (1681). В январе 1682 г . отменили «враждотворное местничество», сильно вредившее при служебных назначениях. В проведении этих мер активно участвовал Голицын.

Как глава внешней политики России, он вел переговоры с иностранными послами, вникал во все детали международной обстановки, отношений с воинственными соседями — Турцией и Крымом.