Государь не мог долго сносить патриаршие претензии, выходки второго «великого государя», к тому же претендовавшего на политическое первенство. Недовольство царя нарастало. Он перестал посещать службы, которые вел патриарх, приглашать его на приемы во дворце. Обидчивый и гневливый Никон не выдержал — на одном из богослужений в Успенском соборе отказался от патриаршества и покинул столицу. Уехал в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь под Истрой. Никон ждал, что царь будет умолять его вернуться в Кремль. Но тот и не думал это делать. Церковный собор (1660) лишил Никона патриаршего сана. Стали звать «вселенских патриархов» в Москву для суда над Никоном, но те не торопились: большинство их сочувствовало взглядам русского владыки. Только в 1666 г . явились два патриарха, а два других прислали своих представителей. Начался суд, на который под охраной стрельцов привезли и Никона. Сам Алексей Михайлович говорил о его тяжкой вине: «Самовольно и без нашего царского величества повеления церковь оставил и патриаршества отрекся».

Патриархи поддержали русского царя; сказались старые традиции византийской церкви, подчинявшейся императорской власти, зависимость патриархов, живших под гнетом турецких султанов, от московской «милостыни», присущая им осторожность в отношениях с мирскими владыками.

Свергнутого патриарха сослали в Ферапонтов монастырь, потом перевели в Кирилло-Белозерскую обитель, где он и скончался в 1681 г . В этом же году окончил свой земной путь и Аввакум, его фанатичный противник. Церковный Собор 1666—1667 гг. проклял всех противников реформы. Собор приговорил отдать сторонников Аввакума в руки «градских властей». Неумолимый закон привел в огонь и Аввакума, и других подвижников древнего благочестия, и многих их сторонников и последователей, которых с того памятного Собора стали именовать расколоучителями, раскольниками.

Собор 1666—1667 гг. и положил начало расколу в русской православной церкви. Старообрядцы, противники церковной реформы, тянули к старине, выступали против любых нововведений в церковно-обрядовой, литургической сфере. В глазах обиженных, угнетенных, среди которых были распространены подобные взгляды, решающее значение имело противостояние расколоучителеи властям, не только церковным, но и мирским, гражданским, их выступление против государства. Поддержали раскол и представители знатных, богатых фамилий — боярыня Ф.П. Морозова, прославленная В.И. Суриковым, ее сестра княгиня Е.П. Урусова (обе умерли от голода и пыток в Боровской земляной тюрьме), князья Хованский, Мышецкий и др.

Народные недовольство, протест принимали разные формы — открытые восстания (Соловецкое 1668—1676 гг., движение раскольников во время Московского восстания 1682 г ., на Дону в 70—80-е годы и др.), уклонение от повинностей, неподчинение властям, наконец, самосожжения («гари») и запощевания (голодная смерть). Подсчитано, например, что только за 20 лет (1675—1695) в 37 «гарях» добровольно лишили себя жизни до 20 тыс. раскольников.

В преследовании раскольников одинаково жестоко действовали царская и церковная власти. Согласие между ними сохранялось почти до конца столетия. Но все изменилось, когда Петр I реально взял власть в свои руки. При жизни матушки он еще сдерживался, хотя нередко не считался с иерархами, открыто называл монахов бездельниками. Когда же она скончалась, открыто показал свое истинное отношение к церковникам.

После взятия Азова Петр устремил свой зоркий глаз на церковь: потребовал от нее отчеты о доходах, заставил строить на свои средства корабли, запретил возводить в монастырях новые корпуса, а тем из иерархов, кто имел поместья, платить жалованье.

В 1700 г . умер патриарх Адриан. Нового патриарха, которого ждали верующие, так и не назначили. Вместо него Петр ввел новую должность — местоблюстителя патриаршего престола, который имел только функции духовного пастыря.