Пострадали и духовные лица. Митрополит Дионисий был сведен со своего престола и отправлен на покаяние в Хутынский монастырь около Новгорода, крутицкий архиепископ Варлаам Пушкин поехал в Антониево-Сийский монастырь. Но самое суровое наказание ждало горожан: семь из них были казнены на Красной площади, остальных крамольников разослали в отдаленные места за «вступление в несвойское дело».

После этого уже никто не осмеливался выступать против Годуновых. Их всесилие и земельные владения продолжали неуклонно расти, вызывая у недругов чувство зависти и тщательно скрываемой ненависти.

Следует отметить, что обвинение царицы Ирины в неплодии было не совсем справедливым. Она многократно была беременна, но из-за дефекта костей таза, обнаруженного современными антропологами, не могла родить живого ребенка. Ее многочисленные дети погибали во время родов. Б. Ф. Годунов, понимая, что проблема сестры, а может быть, и его собственной жены, состоит в отсутствии квалифицированной медицинской помощи, попытался в 1585 г. пригласить из Англии опытного врача и акушерку Но об этом узнали представители духовенства и заявили, что представители протестантской веры не имеют права принимать роды у русской царицы. В итоге английский врач с акушеркой, отправленные в Россию самой королевой Елизаветой, смогли доехать только до Вологды. Пробыв там некоторое время, они вернулись на родину.

Можно предположить, что английские специалисты помогли жене Б. Ф. Годунова, которая приблизительно в 1587 г. родила дочь Ксению и в 1589 г. сына Федора. Ведь супруга Бориса могла тайно побывать в Вологде. Царице же Ирине приходилось надеяться только на Божию помощь, истово молиться, ездить по церквам и монастырям и делать щедрые вклады. Известно, что на ее средства в Москве был основан Зачатьевский монастырь.

Только в 1592 г. все усилия Ирины Федоровны дали результат — 29 мая она родила дочь, названную в честь отца Феодосией. Однако девочка оказалась слабенькой и 25 января 1594 г. умерла. Для царской семьи это стало настоящей трагедией, отразившейся на всей последующей истории страны.

Отсутствие у царя Федора наследника привело к острому династическому кризису. Борьба различных претендентов за вакантный престол продлилась более 10 лет. Это самым печальным образом сказалось на ситуации в Русском государстве. Оно было опустошено и разорено от междоусобиц и интервенции соседних государств и в итоге лишилось ряда стратегически важных территорий: Смоленска и выхода в Балтийское море. Ликвидировать последствия Смуты пришлось весь XVII век.

Драма в Угличе

С весны 1584 г. последний сын Ивана Грозного царевич Дмитрий с матерью и родственниками Нагими тихо проживал в Угличе. При царском дворе мало кто про него вспоминал, поскольку царь Федор вычеркнул его из числа своих родственников. Можно предположить, что своей наследницей он официально назвал жену, которая пользовалась всеобщим уважением. Затем после рождения у брата царицы Б. Ф. Годунова сына Федора в 1589 г. возникла перспектива и у него унаследовать царский трон. Ведь Федор Иванович был молодым, вполне здоровым мужчиной и мог прожить достаточно долго. Следует заметить, что он был моложе Б. Ф. Годунова на 5 лет.

Царевича Дмитрия в качестве наследника никто не называл. Но Нагие думали иначе. Его мать Мария Федоровна даже поселила при своем дворе колдуна, который, по ее замыслу, должен был наводить порчу на царя и его жену. Слухи о ее происках дошли и до Москвы. Поэтому для присмотра за Нагими приблизительно в 1590 г. в Углич был отправлен государев дьяк Михаил Битяговский с сыном и родственниками. Битяговский прежде всего занялся вопросом сбора налогов и стал проверять, какие государственные повинности выполняют жители Углича. Дело коснулось и казны царевича.