Правда, известный исследователь С. Б. Веселовский считал, что легенда о Чете была выдумана монахами Ипатьевского монастыря для доказательства княжеского происхождения их главных покровителей — Годуновых. На самом деле Захарий был одним из представителей костромского боярства, которое появилось в этом городе еще при великом князе Василии Ярославиче (правил в Костроме с 1247 по 1276 г., с 1272 г. был еще и великим князем Владимирским).

После возвышения Московского княжества при Иване Калите (с 1328 г.) и превращения Москвы в столицу Северо-Восточной Руси костромской боярин Дмитрий Зерно, сын Александра, с тремя сыновьями, Иваном Красным, Константином, по прозвищу Шея, и младшим Дмитрием, переехал в столицу Там все получили боярские чины уже при московском великокняжеском дворе. Константин Шея даже стал настолько близок Василию I, что подписал его духовную грамоту Правда, детей у него не было. Род пошел от сыновей Ивана Красного Федора Сабура и Ивана Годуна. Первый стал родоначальником старшей ветви — Сабуровых, от второго пошла средняя ветвь — Годуновы. Самая младшая ветвь — Вельяминовы — пошла от Дмитрия Дмитриевича.

По устоявшейся при великокняжеском, а потом и царском дворе традиции представители старшей ветви рода должны были служить самим государям, представители средней и младшей ветвей — удельным князьям, т. е. братьям государей.

Взлет всего рода бывших костромских бояр произошел после того, как в 1505 г. дочь Юрия Сабурова, Соломония, стала женой великого князя Василия III. Ближайшие родственники великой княгини Сабуровы получили боярские чины, а Годуновых стали назначать воеводами главных полков во время военных походов Василия III. Их успешная служба, зафиксированная в Разрядных книгах, помогла потом Б. Ф. Годунову успешно выиграть несколько местнических споров с представителями титулованной знати и занять довольно высокое место при дворе Ивана IV.

К середине XVI в. род Годуновых становится многочисленным и разветвленным. В третьем колене от Ивана Годуна уже насчитывается 16 человек. Успешной была служба Ивана Ивановича Черемного, родного дяди Б. Ф. Годунова, в 1551 г. он был одним из воевод Смоленска, считавшегося одним из крупнейших городов в то время и важным стратегическим пунктом. Михаил Васильевич Толстый в Полоцком походе 1563 г. был у знамени, в 1564 г. также был одним из воевод Смоленска, на Земском соборе 1566 г. значился как дворянин 1-й статьи.

Приблизительно в 1561 г. Г. В. Годунов как высоконравственный и хорошо образованный человек был назначен дядькой царевича Федора. Позднее, видимо, он сосватал Федору свою родственницу Ирину Федоровну Годунову.

Успешную карьеру при царском дворе сделал еще один дядя Б. Ф. Годунова, Дмитрий Иванович. Сначала он входил во двор царского брата Юрия, но после его смерти в 1564 г. оказался в составе царского двора. В 1567 г.

Дмитрий Иванович получил должность постельничего, которая позволяла ему быть все время рядом с царем Иваном Грозным. В этом же году он взял к себе на службу в Постельный приказ на должность стряпчего осиротевшего племянника Бориса. Ему в то время было 15 лет. Расторопный юноша, приносивший одежду и помогавший одеваться, видимо, понравился царю Ивану, и он стал назначать его на должность рынды во время военных походов. В 70-е гг. XVI в. Борису вместе с родственниками удалось выиграть местнические споры с князем Ф. В. Сицким, с его родственником князем И. В. Сицким, князем П. И. Хворостиным, окольничим В. И. Умным-Колычевым, Р. Д. Бутурлиным, окольничим В. Ф. Воронцовым и другими представителями знати. Это позволило Годуновым подняться довольно высоко по иерархической лестнице.

В 1573 г. окольничество было пожаловано Д. И. Годунову и С. В. Годунову, который неоднократно участвовал в Ливонских походах царя. В 1577 г. Дмитрий Иванович стал боярином, Борис получил чин кравчего. В его обязанности входило подавать царю во время обеда напитки.