Отношение властей к дворянству было совсем иным. Борис щадил дворянскую кровь совершенно так же, как и самозванец. Крайние меры применялись лишь к немногим дворянам–перебежчикам, посланцам «вора», подстрекавшим народ к мятежу. Последних вешали без суда на первом попавшемся дереве.

Прежде деятельный и энергичный, Борис в конце жизни все чаще устранялся от дел. Он почти не покидал дворец, и никто не мог его видеть. Прошло время, когда Годунов охотно благоволил к сирым и убогим, помогал им найти справедливость и управу на сильных. Теперь он лишь по великим праздникам показывался на народе, а когда челобитчики пытались вручить ему свои жалобы, их разгоняли палками.

Фатальные неудачи порождали подозрительность, столь чуждую Борису в лучшие времена. Царь перестал доверять своим боярам, подозревал в интригах и кознях своих придворных и все чаще обращался за советами к прорицателям, астрологам, юродивым. Еще Горсей отмечал склонность Бориса к чернокнижию. Один из членов польского посольства в Москве в 1600 г. писал: «Годунов полон чар и без чародеек ничего не предпринимает, даже самого малого, живет их советами и наукой, их слушает…»

Члены английского посольства, видевшие Годунова в последние месяцы его жизни, отметили многие странности в его характере. Будучи обладателем несметных сокровищ, царь стал выказывать скупость и даже скаредность в мелочах. Живя отшельником в Кремлевском дворце, Борис по временам покидал хоромы, чтобы лично осмотреть, заперты ли и запечатаны ли входы в дворцовые погреба и в кладовые для съестных припасов. Скупость, по словам очевидцев, стала одной из причин утраты им популярности.

Многие признаки в поведении Годунова указывали на его преждевременно наступившее одряхление. На торжественной аудиенции во дворце в честь посла английского короля Якова I царь, говоря об умершей королеве Елизавете, ударился в слезы. В конце жизни Годунов, тревожась за будущее сына, держал его при себе неотступно, «при каждом случае хотел иметь его у себя перед глазами и крайне неохотно отказывался от его присутствия». Один из ученых иноземцев попытался убедить Годунова, что ради долголетия царевича и просвещения его ума ему надо предоставлять некоторую самостоятельность в занятиях. Однако Борис неизменно отклонял такие советы, говоря, что «один сын — все равно, что ни одного сына» и он не может и на миг расстаться с ним.

В последние дни Годунова более всего мучили два вопроса. Твердо зная, что младший сын Грозного мертв, царь все же по временам впадал в сомнение, «почти лишался рассудка и не знал, верить ли ему, что Дмитрий жив или что он умер». Другой вопрос — сподобится ли он вечного блаженства на том свете? Ответ на этот вопрос Годунов искал в беседах не только со своим духовником, но и с учеными немцами. Невзирая на различие вер, царь просил их, «чтобы они за него молились, да сподобится он вечного блаженства». После таких бесед Борис нередко приходил к мысли, что для него «в будущей жизни нет блаженства».

Годунов занял трон, будучи тяжело больным человеком. Недуг едва не свел царя Бориса в могилу в 1600 г., когда по всей Москве распространилась весть о его кончине. После выздоровления он ходил, подволакивая ногу. Пользовали царя как европейские врачи, так и народные знахари. В письме к королеве Елизавете Борис писал, что присланный ею в Москву доктор Кристофер Рихтингер, «венгерец» родом, излечил его от опасной болезни.