Несмотря на то что царские воеводы, выступившие навстречу самозванцу с огромными силами, действовали вяло и нерешительно, сторонники Лжедмитрия I скоро убедились в неверности своих расчетов. Получив отпор под стенами Новгорода- Северского, наемники в большинстве своем покинули лагерь самозванца и ушли за рубеж. Нареченный тесть самозванца и его «главнокомандующий» Юрий Мнишек последовал за ними. Вторжение потерпело провал, но вооруженная помощь поляков позволила Лжедмитрию продержаться на территории Русского государства первые, наиболее трудные месяцы, пока волны народного восстания не охватили всю южную окраину государства.

Когда Борису донесли о появлении самозванца в Польше, он не стал скрывать своих подлинных чувств и сказал в лицо боярам, что это их рук дело и задумано, чтобы свергнуть его. Кажется непостижимым, что позже Годунов вверил тем же боярам армию и послал их против самозванца. Поведение Бориса не было в действительности необъяснимым.

Голод обострил социальные противоречия в стране. Бунты в южных крепостях и уездах России и восстание казачьей окраины от Дона до Яика несли опасность государству. В такой ситуации господствующее сословие волей–неволей должно было сплотиться вокруг династии ради защиты собственных интересов. Дворянство в массе своей настороженно отнеслось к самозваному царьку. Лишь несколько воевод невысокого ранга перешли на его сторону. Чаще крепости самозванцу сдавали восставшие казаки и посадские люди, а воевод приводили к нему связанными.

Покинутый большей частью наемников, Отрепьев спешно сформировал армию из непрерывно стекавшихся к нему казаков, стрельцов и посадских людей. По словам очевидца Якова Маржарета, самозванец стал вооружать крестьян и включил их в свое войско. Новая армия Лжедмитрия была наголову разбита царскими воеводами в битве под Добрыничами 21 января 1605 г. При энергичном преследовании воеводы могли бы захватить самозванца или изгнать его из пределов страны, но они медлили и топтались на месте. Бояре не предали Бориса, но им пришлось действовать среди враждебного населения, восставшего против государя. Несмотря на поражение Лжедмитрия, его власть вскоре признали многие южные крепости. Казачьи отряды грозили коммуникациям царской армии. Полки были утомлены длительной кампанией, и дворяне самовольно разъезжались по домам. В течение почти полугода воеводы не сумели взять Кромы, в которых засел атаман Корела с донцами. Под обгорелыми стенами этой крепости, по образному выражению С. Ф. Платонова, решалась судьба династии.

Иван Грозный кончил тем, что издал особый указ против холопских доносов на господ. Борис стал возводить доносчиков–холопов в дворянское достоинство и жаловал их поместьями. О награждении доносчиков власти объявляли публично на площади перед Челобитным приказом. После смерти Бориса Лжедмитрий издал особый указ о конфискации поместий у новых дворян холопского происхождения, появившихся при Годунове. По словам современников, от холопских доносов в царстве началась «великая смута».

Некогда Годунов снискал поддержку страны, распустив «двор» — последыш опричнины — и тем самым покончив с политическим наследием Грозного. Правитель справился с боярской оппозицией, не прибегая к погромам и казням. Но все переменилось, едва в стране началась гражданская война. Тысячи казаков и комарицких мужиков, попавших в плен к воеводам после битвы под Добрыничами, были повешены.