Недруги распространяли всякого рода небылицы по поводу смерти Бориса, последовавшей 13 апреля 1605 г. Годунов будто бы принял яд ввиду безвыходности своего положения. По другой версии, он упал с трона во время посольского приема. Осведомленные современники описывают кончину Годунова совсем иначе: «Царю Борису, вставши из–за стола после кушанья, и внезапу прииде на нево болезнь люта, и едва успе поновитись и постричи, и два часа в той же болезни и скончась». Как записал автор Хронографа, Годунов умер после обеда, «по отшествии стола того, мало времени минувшю: царь же в постельной храмине сидяшу, и внезапу случися ему смерть». Борис умер скоропостижно, и монахи лишь «успели запасными дары причастити» умирающего.

Члены английского посольства описали последние часы Годунова со слов лечивших его медиков. По обыкновению врачи находились при царской особе в течение всего обеда. Борис любил плотно покушать и допускал излишества в еде. Убедившись в добром здравии государя, доктора разъехались по домам. Но через два часа после обеда Борис почувствовал дурноту, перешел в спальные хоромы и сам лег в постель, велев вызвать лекарей. Тем временем бояре, собравшиеся в спальне, спросили государя, не желает ли он, чтобы дума в его присутствии присягнула наследнику. Умирающий, дрожа всем телом, успел промолвить: «Как Богу угодно и всему народу». Вслед за тем у Бориса отнялся язык, и духовные особы поспешно совершили над умирающим обряд пострижения. Близкий к царскому двору Я. Маржарет передает, что Годунов скончался от апоплексического удара.

Смерть Бориса дала толчок к дальнейшему развитию Смуты в Русском государстве. Незадолго до кончины Годунов решил вверить командование армией своему любимцу Петру Басманову, отличившемуся в первой кампании против самозванца. Молодому и не слишком знатному воеводе предназначалась роль спасителя династии. Последующие события показали, что Борис допустил роковой просчет.

Сын знаменитого опричного фаворита Грозного, Басманов был всецело поглощен собственной карьерой и плохо помнил благодеяния. Будучи принужден считаться с местническими традициями, Борис формально поставил во главе армии боярина князя Михаила Катырева — Ростовского, всецело обязанного своей карьерой новому царю. Петр Басманов числился его помощником. После блистательного взлета в опричнине Басмановы надолго сошли со сцены, и Петру Басманову предстояла жестокая борьба, чтобы возродить былую «честь» фамилии. Явившись в армию уже после смерти Бориса, Басманов заявил резкий протест против назначения в его армию боярина Андрея Телятевского, что, по его мнению, наносило ущерб его местническому положению.

«Потерька» фамильной чести беспокоила новоиспеченного главнокомандующего гораздо больше, чем тяжелое положение войска. В присутствии бояр он заявил, что Семен Годунов выдал его в «холопи» своему зятю Андрею Телятевскому, но он, Басманов, предпочитает смерть такому позору. Молодой воевода не мог сдержать чувств и, упав посреди «разрядного» шатра, «плакал с час, лежа на столе». Тяжба с зятем всесильного Семена Годунова привела Басманова к лагерь оппозиции, давно образовавшейся в действующей армии. Наибольшее недовольство выражали рязанские и северские дворяне, в большом числе уклонившиеся от присяги Федору Годунову. Во главе заговора недовольных дворян встали «большие» рязанские дворяне Ляпуновы.