Вслед за раздором из-за Кирилл о-Белозерского монастыря последовал спор из-за обряда освящения главного храма государства.

Возведение нового Успенского собора в Кремле первоначально с благословения митрополита поручили православным русским мастерам. Их постигла неудача. Тогда Иван III выписал из Италии знаменитого архитектора Аристотеля Фиораванти. Руководство строительством перешло в руки еретиков-латинян. Собор был окончен к августу 1479 г. Именно церемония освящения и стала предметом раздора между светской и духовной властью. Верховный святитель, по мнению Ивана III, допустил ошибку — обошел собор крестным ходом против солнца. Великий князь остановил Геронтия и приказал идти по солнцу. Начался спор, в котором вместе с Иваном III против митрополита выступили некоторые из иерархов. Но они «свидетельство никоего не приношаху», иначе говоря, не привели никаких серьезных доказательств в пользу своей точки зрения. Глава церкви отстаивал одновременно и русскую старину, и византийскую традицию. «Егда преста диакон ходить в олтаре, — заявил он, — на правую руку ходить с кадилом». Так было принято на Руси. Правоту митрополита подтвердил игумен, совершивший паломничество на Афон. «В Святой горе, — сказал он, — видел, что так освящали церковь, а со кресты против солнца ходили». Власть была главным аргументом великого князя. Впредь до решения спора он строго запретил митрополиту освящать новопостроенные церкви столицы.

Вторжение Орды в 1480 г. на время приглушило распри. Но едва опасность миновала, конфликт вспыхнул с новой силой. Из-за запрета Ивана III вновь построенные в столице церкви оставались неосвященными более года. Недовольные этим священники и миряне склонны были поддерживать митрополита. Потеряв надежду переубедить Ивана III, Геронтий съехал с митрополичьего двора за город, в Симонов монастырь, и пригрозил сложить с себя сан, если государь будет настаивать на своем и не «добьет» ему челом.

Угроза открытого разрыва показала, что святитель готов прибегнуть к самым крайним мерам, чтобы добиться от монарха уважения к традиционному разграничению церковных и светских дел, обеспечивавшему церкви независимость в вопросах обрядности, имущественных правах и пр. В конце концов Иван III вынужден был уступить. Он послал к митрополиту своего сына и затем сам отправился в Симонов монастырь на поклон, обещая во всем слушаться святителя, а относительно хождения с крестами положился на его волю и старину. Геронтий пытался закрепить успех и добиться послушания от иерархов, не признававших его авторитет и выступавших приспешниками светской власти. Придравшись к нарушениям поста накануне Богоявления, митрополит заключил чудовского архимандрита Геннадия в ледник. Иван III постарался защитить своего «угодника» и «выпечаловал» архимандрита из ледника, указав на пример чудотворца, митрополита Фотия, который простил аналогичное прегрешение.

Попытка расправы с Геннадием обнаружила тот факт, что конфликт между светской и церковной властью разгорался все больше и больше. В ноябре 1483 г. глава церкви вторично покинул митрополичий двор. Желая при этом сохранить пути к отступлению, он указал в качестве предлога к отъезду на сбою болезнь. Как записал неофициальный летописец: «Геронтий митрополит хотел оставить митрополию и съеха в монастырь на Симоново, и с собою ризницу и посох взя, понеже болен». Поведение Геронтия доказывало, что он не желал расстаться со святительским саном.

Вот почему он забрал с собой в монастырь символ власти — митрополичий посох (при первом отъезде Геронтий оставил посох в Успенском соборе). Вместе с посохом глава церкви забрал ризницу с хранившимися в ней митрополичьими одеждами, церковной утварью и драгоценностями. Без «митрополичьего сана» ни один святитель не мог занять стол и служить митрополичью службу.